Bu, en son sürümü Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz olarak indirilebilen Protospacer Workbench adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile Protospacer Workbench adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak ücretsiz indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
Protospacer Tezgahı
TANIM
Protospacer Workbench, herhangi bir organizma veya FASTA formatlı diziler seti için CRISPR hedef bölgeleri tasarlamaya, analiz etmeye ve paylaşmaya yardımcı olur.CRISPR/Cas genom düzenleme sistemi için kılavuz RNA'ların tasarımı sezgisel olarak kolaydır, ancak hesaplama açısından zordur. Asıl zorluk, amaçlanan hedeften oldukça farklı olabilecek potansiyel hedef dışı hedefleri belirleme ihtiyacından kaynaklanmaktadır. Kılavuz-RNA tasarımı için mevcut çevrimiçi araçlar, Bowtie veya BLAST gibi dizi haritalama yazılımlarına kullanıcı dostu bir arayüz sağlar. Bununla birlikte, bu haritalama algoritmaları, hızlı olmakla birlikte, hataya karşı yüksek bir toleransla tasarlanmamıştır; bu, potansiyel hedef dışı durumları belirlemek için kritik bir özelliktir. Çevrimiçi araçların başarısız olduğu yerde, çevrimdışı araçlar başarılı olur. Bununla birlikte, çevrimdışı araçlar, CRISPR kullanan çok az kişinin sahip olduğu komut satırı bilgisini gerektirir. Protospacer Workbench, çevrimiçi ve çevrimdışı kılavuz-RNA tasarımı arasındaki boşluğu doldurmayı amaçlar. Yazılım şu anda OS X için mevcuttur ve yakında diğer işletim sistemlerine taşınacaktır.
Özellikler
- Mevcut tüm CRISPR hedeflerini hızlıca bulun
- Kılavuz-RNA tasarımlarını iyice değerlendirin
- Hedefleri ve kılavuz-RNA listelerini paylaşın
- Herhangi bir organizma için tasarım
- Birden çok veritabanını yönetin
- Adım adım iş akışı
- Beklenen kılavuz-RNA performansı hakkında raporlar alın
- Tek bir arabirimden birden çok üçüncü taraf aracından yararlanın
- Çok hedefli tasarım
- Büyük hedef/kılavuz-RNA listelerini yönetin
Bu, https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
