Bu, son sürümü SnowyOwl-2.0.3.tar.gz olarak indirilebilen SnowyOwl adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile SnowyOwl adlı bu uygulamayı ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
Kar Baykuşu
TANIM
SnowyOwl, Gizli Markov Modeli (HMM) tabanlı gen tahminlerinin oluşturulması için ipuçları sağlamak ve elde edilen modelleri değerlendirmek için RNA-Seq verilerini kullanan bir gen tahmin hattıdır. Boru hattı, tahminlerini üç mantar genomunda manuel olarak küratörlü gen modelleriyle karşılaştırarak doğrulandı ve kolaylaştırıldı ve sonuçları, önceki gen tahminlerine göre duyarlılık ve seçicilikte önemli artışlar gösteriyor. Duyarlılık, çeşitli girdi parametreleriyle HMM gen belirleyicisi Augustus'u tekrar tekrar çalıştırarak ve seçicilik, bilinen proteinlere en iyi homolojiye ve RNA-Seq verileriyle en iyi anlaşmaya sahip modelleri seçerek kazanılır. SnowyOwl, 26 yeni mantar genomunda genleri başarıyla tahmin etti.
Boru hattı, yüksek verim ve konfigürasyon üzerinde kontrol için yerel olarak kurulabilir. Ara sıra kullanım için uygun bir web arayüzü aracılığıyla uzak bir sunucuda da çalıştırılabilir.
Özellikler
- RNA-Seq verilerini kullanarak gen tahmini
- Yüksek hassasiyet ve özgüllük
- Elle küratörlü gen modelleriyle kolaylaştırılmış ve doğrulanmış boru hattı
- Son derece yapılandırılabilir
- Ascomycete ve basidiomycete mantarları için varsayılan yapılandırma
- Kontrol ve esneklik için yerel olarak kurun ve çalıştırın
- Kolaylık sağlamak için bir web arayüzü üzerinden uzaktan çalıştırın
Seyirci
Bilim/Araştırma, Gelişmiş Son Kullanıcılar
Kullanıcı arabirimi
Web tabanlı, Komut satırı, GTK+
Programlama dili
Piton, PHP
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/snowyowl/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
