Bu, son sürümü soap3-dp-3-cuda2.3.172-linux-AmazonEC4.2.tar.gz olarak indirilebilen SOAP2-DP adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
SOAP3-DP adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
SOAP3-DP
AÇIKLAMA
GitHub'daki En Son Kod:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, optimize edilmiş algoritmalarla hem CPU hem de GPU'nun hesaplama gücünden yararlanarak, aynı anda yüksek hız ve hassasiyet sunar. BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM ve GPU tabanlı hizalayıcılar BarraCUDA ve CUSHAW dahil olmak üzere yaygın olarak benimsenen hizalayıcılarla karşılaştırıldığında, SOAP3-dp'nin en yüksek hassasiyet ve en düşük yanlış keşif oranını (FDR) korurken iki ila on kat daha hızlı olduğu bulundu. ) Illumina'da farklı uzunluklarda okur. SOAP3-dp, BAM dosya biçimini yerel olarak destekler ve BWA ile aynı puanlama şemasını sağlayarak mevcut analiz ardışık düzenlerine entegre edilmesini sağlar.
Alıntı: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: Hızlı, Doğru ve Hassas GPU Tabanlı Kısa Okuma Hizalayıcı. PLoS BİR 8(5): e65632. doi:10.1371/journal.pone.0065632
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Konsol/Terminal
Programlama dili
C++, C
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
