Bu, en son sürümü gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip olarak indirilebilen, Linux çevrimiçi üzerinden Windows'ta çevrimiçi çalıştırılan gsasnp2 adlı Windows uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
Windows'ta Linux üzerinden çevrimiçi olarak çalıştırmak için gsasnp2 adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden herhangi bir OS OnWorks çevrimiçi öykünücüsünü başlatın, ancak daha iyi Windows çevrimiçi öykünücüsü.
- 5. Yeni başlattığınız OnWorks Windows işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin ve kurun.
- 7. Wine'ı Linux dağıtımları yazılım havuzlarınızdan indirin. Kurulduktan sonra, Wine ile çalıştırmak için uygulamaya çift tıklayabilirsiniz. Ayrıca, popüler Windows programlarını ve oyunlarını yüklemenize yardımcı olacak Wine üzerinden gösterişli bir arayüz olan PlayOnLinux'u da deneyebilirsiniz.
Wine, Windows yazılımını Linux üzerinde çalıştırmanın bir yoludur, ancak Windows gerektirmez. Wine, Windows programlarını doğrudan herhangi bir Linux masaüstünde çalıştırabilen açık kaynaklı bir Windows uyumluluk katmanıdır. Esasen Wine, Windows'a ihtiyaç duymadan tüm bu Windows uygulamalarını çalıştırabilmesi için yeterince Windows'u sıfırdan yeniden uygulamaya çalışıyor.
EKRAN
Ad
gsasnp2, Linux çevrimiçi üzerinden Windows'ta çevrimiçi çalışacak
AÇIKLAMA
* GSA-SNP2, GSA-SNP'nin halefidir (Nam ve diğerleri 2010, NAR web sunucusu sorunu). GSA-SNP2, insan GWAS özet verilerini (rs sayıları, p-değerleri) veya gen bazında p-değerlerini kabul eder ve verilen fenotiple ilişkili genlerle 'zenginleştirilmiş' yol gen kümelerini çıkarır. Ayrıca ilgili yollarda hem yerel hem de küresel protein etkileşim ağları sağlar.* Makale: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "GSA-SNP2 kullanarak GWAS özet verilerinin verimli yol zenginleştirmesi ve ağ analizi", Nucleic Acids Research, Cilt. 46(10), e60(2018).
* PubMed Kimliği: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> PROGRAMIN ÖNCEDEN TASARLANMIŞ VERİLERİ BULMASINA İZİN VERMEK İÇİN LÜTFEN 'VERİ' KLASÖRÜNÜ YOĞUN TEST KLASÖRÜNÜZE (Örn. LINUX, MAC VEYA WINDOWS BELİRTİLEN KLASÖR) TAŞIYIN VEYA KOPYALAYIN.
* GÜNCELLEME NOTU:
-> Ağustos-7-2019: Ubuntu-19.04 için bir güncelleme ekleyin. Boost kitaplığının kurulu olması gerekir (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mart-7-2018: çıktı dosyasındaki başlık terimlerini gözden geçirin
Özellikler
- 1/ 'İYİ TİP I HATA KONTROLÜ' aşağıdaki iki işlemle elde edilir: A) Gen puanları, monoton kübik spline eğilim eğrisi kullanılarak her bir gene atanan SNP sayısına 'ayarlanır'. B) Her yol içinde yüksek genler arası korelasyona sahip komşu genler çıkarıldı
- 2/ Rastgele küme modeline dayalı 'YÜKSEK GÜÇLÜ VE HIZLI BİLGİSAYAR'
- 3/ 'KRİTİK SERBEST PARAMETRE YOK'
- 4/ Üye genler arasındaki 'PROTEİN ETKİLEŞİM AĞLARI' önemli yollar için görselleştirildi. Bu işlev, kullanıcının önemli yollar içindeki ve arasındaki çekirdek alt ağlara öncelik vermesini sağlar. STRING ve HIPPIE ağları şu anda sağlanıyor
- 5/ 'KOLAY KULLANIM': Yalnızca GWAS özet verileri (veya gen p değerleri) gerektirir ve sonuçların alınması yalnızca bir veya iki dakika sürer. Diğer güçlü bağımsız yol araçları da SNP korelasyon girdisini gerektirir ve çok daha uzun zaman alır. Kullanıcı ayrıca kendi yol gen setlerini ve protein etkileşim ağlarını da yükleyebilir.
Kullanıcı arabirimi
Win32 (MS Windows), Komut satırı
Programlama dili
C++, PHP, JavaScript
Bu, https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
