abyss-pe - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

abyss-pe - збирає читання в контиги

СИНТАКСИС

прірва-пе [ВАРІАНТ]... [ПАРАМЕТР=VALUE]... [MAKE_TARGET]...

ОПИС

Зберіть читання вхідних файлів у контиги. Зчитування можуть бути у FASTA, FASTQ,
qseq, export, SRA, SAM або BAM формат і може бути стиснутий за допомогою gz, bz2 або xz і може бути
просмолені.

abyss-pe - це сценарій Makefile. Будь-які варіанти make також можна використовувати з abyss-pe.

параметри of прірва-пе
ім'я, JOB_NAME
Назва цього збору. Отримані риштування будуть зберігатися в
${name}-scaffolds.fa.

in вхідні файли. Використовуйте цю змінну під час збирання даних з однієї бібліотеки.

либ список в лапках розділених пробілами назв бібліотеки парних кінців. Використовуйте цю змінну
під час збирання даних з кількох бібліотек на парних кінцях. Для назви кожної бібліотеки в
lib, користувач повинен визначити змінну в командному рядку з тим самим ім'ям, яка
вказує прочитані файли для цієї бібліотеки. Побачити ПРИКЛАДИ нижче для бетону
приклад використання.

pe список бібліотек на парних кінцях, які будуть використовуватися лише для злиття одиниць
контиги і не сприятимуть досягненню консенсусної послідовності.

mp список бібліотек пар-пар, які будуть використовуватися для риштувань. Бібліотеки парних пар
не сприяють досягненню консенсусної послідовності.

довго список бібліотек довгої послідовності, які будуть використовуватися для перебудови. довга послідовність
бібліотеки не сприяють досягненню консенсусної послідовності.

se файли, що містять одностороннє читання

a максимальна кількість гілок бульбашки [2]

b максимальна довжина бульбашки (bp) [10000]

c мінімальний середній к-мер охоплення одиниці [кв(медіана)]

d допустима похибка оцінки відстані (bp) [6]

e мінімальне покриття ерозією k-mer [кв(медіана)]

E мінімальне покриття k-mer ерозією на пасмо [1]

j кількість ниток [2]

k розмір k-mer (коли K не встановлено) або проміжок пари k-mer (коли K встановлено)

K розмір одного k-mer у парі k-mer (bp)

l мінімальна довжина вирівнювання зчитування (bp) [k]

m мінімальне перекриття двох одиниць (bp) [30]

n мінімальна кількість пар, необхідна для побудови контигів [10]

N мінімальна кількість пар, необхідних для будівельних риштувань [n]

p мінімальна ідентичність послідовності бульбашки [0.9]

q мінімальна якість основи під час обрізки [3]
Обрізати основи з кінців зчитування, якість яких менша q.

Q мінімальна базова якість [0]
Замаскуйте всі основи зчитування, якість яких нижча за Q, як `N'.

s мінімальний розмір одиниці, необхідний для побудови контигів (bp) [200]
Довжина насіння повинна бути щонайменше вдвічі більшою за значення k. Якщо більше послідовності
зібраний, ніж очікуваний розмір геному, спробуйте збільшити s.

S мінімальний розмір контигу, необхідний для будівельних риштувань (bp) [s]

SS SS=--SS для збирання в режимі, що залежить від ланцюга
Вимагає, щоб усі бібліотеки були специфічними для ланцюга бібліотеками RNA-Seq. Припускає, що
перше зчитування в парі читання перевертається WRT секвенованих транскриптів.

t мінімальний розмір наконечника (bp) [2k]

v v=-v, щоб увімкнути детальне ведення журналу

np, NSLOTS
кількість процесів збірки MPI

мпірун шлях до мпіруна

вирівнювач
Програма для вирівнювання читання до контигів [map].
Допустимі значення: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Див
DIDA розділ нижче для додаткової інформації про опцію dida.

cs перетворювати контиги колірного простору в нуклеотидні контиги після складання

Опції of зробити
-n, --сушить
Роздрукуйте команди, які будуть виконані, але не виконуйте їх.

зробити цілі та цінності прірва-пе
дефолт
Еквівалент `scaffolds scaffolds-dot stats'.

одиниці
Зібрати блоки.

unitigs-точка
Вивести графік єдиного перекриття.

пе-сам Карта парного кінця зчитує одиниці та виводить файл SAM. SAM файл буде тільки
містять зіставлення читань до різних контигів, а також ідентифікатор читання, послідовність і якість
рядки будуть замінені на символи '*'.

пе-бам Карта парного кінця зчитує одиниці та виводить файл BAM. BAM файл буде тільки
містять зіставлення читань до різних контигів, а також ідентифікатор читання, послідовність і якість
рядки будуть замінені на символи '*'.

pe-індекс
Згенеруйте індекс одиниць, використовуваних картою безодні.

контиги
Зберіть контиги.

контиги-точка
Виведіть графік перекриття контигів.

mp-sam Карта mate-pair зчитує контиги і виводить файл SAM. SAM файл буде тільки
містять зіставлення читань до різних контигів, а також ідентифікатор читання, послідовність і якість
рядки будуть замінені на символи '*'.

mp-бам Карта mate-pair зчитує контиги і виводить файл BAM. BAM файл буде тільки
містять зіставлення читань до різних контигів, а також ідентифікатор читання, послідовність і якість
рядки будуть замінені на символи '*'.

mp-індекс
Згенеруйте індекс контигів, які використовуються картою безодні.

ешафотів
Зібрати риштування.

риштування-точкові
Виведіть графік перекриття каркаса.

риштування
Зламайте каркаси та створіть файл AGP.

довгі риштування
Повторно підготуйте контиґи, зібрані RNA-Seq.

довгі риштування-точка
Виведіть графік перекриття каркаса РНК.

статистика Відображення статистики суміжності збірки.

очистити Видаліть проміжні файли.

версія
Відобразити версію abyss-pe.

версії
Відобразити версії всіх програм, які використовує abyss-pe.

допомога Відобразити корисне повідомлення.

DIDA

ABySS підтримує використання DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), заснованого на MPI
фреймворк вирівнювання для обчислення вирівнювання послідовності на кількох машинах. Використовувати
DIDA з ABySS, спочатку завантажте та встановіть DIDA з
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, а потім укажіть `dida` як значення
вирівнювач параметр до прірва-пе.

DIDA, пов'язані прірва-пе параметри
DIDA_MPIRUN
Команда `mpirun` використовується для виконання завдань DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
Параметри часу виконання, такі як кількість потоків на ранг MPI та значення середовища
змінні (наприклад, PATH, LD_LIBRARY_PATH). Запустіть `abyss-dida --help`, щоб отримати список
доступні варіанти.

DIDA_OPTIONS
Опції, які передаються безпосередньо в двійковий файл DIDA. Наприклад, цим можна скористатися
щоб контролювати мінімальний поріг довжини вирівнювання. Запустіть `dida-wrapper --help` для a
список доступних опцій.

лампи СУМІСНІСТЬ
Через використання багатопотокової роботи DIDA має відомі проблеми з тупиковим блокуванням OpenMPI. Використання
бібліотека MPICH MPI настійно рекомендується під час виконання збірок з DIDA. Тестування
було зроблено з MPICH 3.1.3, скомпільовано з --enable-threads=funneled.

приклад
Рекомендована конфігурація часу виконання для DIDA – 1 ранг MPI на машину та 1 потік на кожну
ядро процесора. Наприклад, щоб запустити збірку на 3 вузлах кластера з 12 ядрами кожен, виконайте:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -прив'язування до плати'

У цьому прикладі використовуються параметри командного рядка MPICH для `mpirun`. Тут `-np 3` вказує
кількість рангів MPI, `-ppn 1` вказує кількість рангів MPI на "вузол", і
`-bind-to board` визначає "вузол" як материнську плату (тобто повну машину).

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ ЗМІННІ

Будь-який параметр, який можна вказати в командному рядку, також можна вказати в файлі an
змінна оточення

PATH має містити каталог, в якому встановлені виконувані файли ABySS. Використовуйте `провалля-
pe versions`, щоб перевірити, чи PATH налаштовано правильно.

TMPDIR визначає каталог для тимчасових файлів

Планувальник інтеграція
ABySS добре інтегрується з кластерними планувальниками завдань, такими як:
* SGE (Sun Grid Engine)
* Портативна пакетна система (PBS)
* Функція розподілу навантаження (LSF)
* IBM LoadLeveler

Змінні середовища SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID і NSLOTS можуть використовуватися для визначення
ім'я параметрів, k і np, відповідно, і аналогічно для інших планувальників.

ПРИКЛАДИ

Один парний кінець бібліотека
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

множинний парний кінець libraries
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Парний кінець та подружня пара libraries
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

У тому числі РНК-Seq збори
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

лампи
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

Використовуйте abyss-pe онлайн за допомогою служб onworks.net