Це команда autodock4, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
автодок - притикування хімічних лігандів до білкових рецепторів
СИНТАКСИС
autodock4 [опції]
ОПИС
AutoDock виконує автоматичне приєднання хімічних сполук до білків, тобто прогнозує
як маленькі молекули, такі як субстрати або кандидати на ліки, зв’язуються з рецептором відомого 3D
Структура.
AutoDockSuite складається з двох основних програм, з яких AutoDock виконує стикування
ліганд до набору сіток, що описують цільовий білок, і AutoGrid попередньо обчислює
ці сітки.
ВАРІАНТИ
-p параметр_ім'я файлу
-l log_filename
-o Використовуйте старий формат PDBQ, зарядіть q у стовпцях 55-61
-k Зберігайте оригінальні номери залишків
-i Ігноруйте перевірку заголовків
-t Проаналізуйте файл PDBQ, щоб перевірити кручення, а потім зупиніть.
-c < command_file Командний режим, за файлом
-c | control_program Командний режим за допомогою control_program
приклад
У Debian каталог /usr/share/doc/autodock пропонує приклади для запуску. Зміни на це
каталогу та розпакуйте (як кореневий) файли карти, запаковані в gzip, а потім запустіть AutoDock, як показано
нижче:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Інтерпретації результатів допомагає набір AutoDockTools. Будь ласка, також огляньте
навчальні посібники, які пропонуються онлайн.
Використовуйте autodock4 онлайн за допомогою служб onworks.net
