autodocktools - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

adt - AutoDockTools, графічний інтерфейс для AutoDock

СИНТАКСИС

runAdt [опції]

ОПИС

Ця сторінка посібника є майже дослівним перекладом результатів, наданих runAdt -h
команда

ВАРІАНТИ

Нижче наведено короткий опис варіантів. Для повного опису див
навчальні посібники та документацію, яка доступна в Інтернеті.

-h, --допомога
Показати підсумок варіантів.

-a or --знову
відтворити файл останнього журналу

--overwriteLog
перезаписати файл журналу

--uniqueLog
створити файл журналу з унікальним іменем

--noLog
вимкнути ведення журналу

--noSplash
вимкніть заставку

-- померти не запускати цикл подій GUI

--настройщик файл
запустити вказаний користувачем файл

--lib packageName
додати бібліотеки команд

-v r, --бачення пробіг
запускати мережі бачення в командному рядку

-v o, --бачення один раз
запустити мережі бачення та вийти з ADT

-d or --dmode Режими
вкажіть режим відображення
режими можуть бути будь-якими комбінаціями режиму відображення
'cpk' : cpk
'lines': рядки
'ss': стрічка вторинної структури
'sb' : палички та кульки
'lic': солодка
'ms': молекулярна поверхня
'ca': слід C-альфа
'bt': трасування хребта
'sp' : CA-сплайн
'sssb' : вторинна структура для білків, палички та кульки для
інші залишки зі зв'язками лінії для інших залишків без зв'язків

-c or --cmode Режими
вкажіть колірну схему режиму відображення:
'ca': колір за атомом
'cr': колір за залишком (схема RASMOL)
'cc': колір за ланцюжком
«см»: колір за молекулою
'cdg': колір за схемою Девіда Гудселла
'cs': залишки кольору за допомогою схеми Shapely
'css': колір за елементом вторинної структури

ПРИКЛАД:

відображати білок у вигляді стрічки, небілковий у вигляді паличок і кульок і колір за типом атома

adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

Використовуйте autodocktools онлайн за допомогою служб onworks.net