Це команда bamtools, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bamtools - інструментарій для роботи з файлами BAM (вирівнювання генома).
СИНТАКСИС
бамінструменти [--help] КОМАНДА [ARGS]
ОПИС
BamTools полегшує аналіз досліджень і керування даними за допомогою файлів BAM. Справляється з
величезна кількість даних, отриманих за допомогою сучасних технологій секвенування, які зазвичай є
зберігаються в стиснених двійкових форматах, які нелегко обробляються текстовими аналізаторами
широко використовується в дослідженнях біоінформатики.
ВАРІАНТИ
конвертувати
Перетворює між BAM і низкою інших форматів
count Друкує кількість вирівнювання у файлі BAM
охоплення
Друкує статистику покриття з вхідного файлу BAM
filter Фільтрує файл(и) BAM за визначеними користувачем критеріями
заголовок Друкує інформацію заголовка BAM
index Створює індекс для файлу BAM
merge Об’єднати кілька файлів BAM в один файл
random Виберіть випадкові вирівнювання з існуючих файлів BAM, призначені більше для тестування
інструмент.
рішення
Вирішує зчитування парних кінців (позначаючи прапорець IsProperPair за потреби)
revert Видаляє повторювані позначки та відновлює оригінальні базові якості
sort Сортує файл BAM за деякими критеріями
split Розділяє файл BAM за вказаною користувачем властивістю, створюючи для нього новий вихідний файл BAM
кожне знайдене значення
stats Друкує деяку базову статистику з вхідних файлів BAM
Перегляньте «bamtools help COMMAND» для отримання додаткової інформації про певну команду.
Використовуйте bamtools онлайн за допомогою сервісів onworks.net
