bowtie2-align-s - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

bowtie2-align-s - надшвидкий і ефективний в пам'яті серверний інструмент для вирівнювання послідовності
зчитує довгі опорні послідовності

ОПИС

Краватка-метелик 2 версія 2.2.6 від Бена Ленгміда ([захищено електронною поштою], www.cs.jhu.edu/~langmea)

ВИКОРИСТАННЯ

bowtie2-align [параметри]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Префікс назви файлу індексу (за винятком .X.bt2). ПРИМІТКА: індекси метелика 1 та 2
не сумісні.

Файли з партнерами № 1 у парі з файлами в .

Файли з партнерами № 2 у парі з файлами в .

Файли з непарними читаннями.

Файл для виведення SAM (за замовчуванням: stdout)

, , можуть бути розділені комами списки (без пробілів) і можуть бути вказані
багато разів. Наприклад, '-U файл1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

ВАРІАНТИ (за замовчуванням in круглі дужки)

Вхідний сигнал:
-q вхідні файли запиту: FASTQ .fq/.fastq (за замовчуванням)

--qseq вхідні файли запиту мають формат Illumina qseq

-f Вхідні файли запиту є (багато)FASTA .fa/.mfa

-r вхідні файли запиту є необробленими по одній послідовності на рядок

-c , , це самі послідовності, а не файли

-s/--пропустити
пропустити першу читання/пари на вході (немає)

-u/--аж до
зупинитися після першого читання/пари (без обмежень)

-5/--обрізати5
обрізати основи від 5'/лівий кінець читання (0)

-3/--обрізати3
обрізати основи від 3'/правий кінець читання (0)

--phred33
якості Phred+33 (за замовчуванням)

--phred64
якості Phred+64

--int-quals
якості, закодовані як цілі числа, розділені пробілом

Пресети:
Такий же, як:

для --кінець в кінець:

--дуже швидко -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--швидко -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--чутливі -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (за замовчуванням)

-- дуже чутливий -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

для --місцевий:

--дуже швидко-локально -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--швидко-місцевий -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--чутливо-локальний -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (за замовчуванням)

--дуже чутливий-локальний -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Вирівнювання:
-N
max # невідповідності у вирівнюванні насіння; може бути 0 або 1 (0)

-L
довжина насіннєвих підрядків; має бути >3, <32 (22)

-i
інтервал між початковими підрядками із зчитуванням len (S,1,1.15)

--n-стеля
функція для максимальної кількості не-A/C/G/Ts, дозволених в aln (L,0,0.15)

--dpad
включати додаткові довідкові символи з боків столу DP (15)

--gbar
заборонити прогалини всередині nucs of read extremes (4)

--ігнорувати-якості
розглядати всі значення якості як 30 за шкалою Phred (вимкнено)

--nofw не вирівнювати пряму (оригінальну) версію прочитаного (вимкнено)

--norc не вирівнювати версію читання зі зворотним доповненням (вимкнено)

--ні-1 мм-наперед
не допускайте 1 невідповідності вирівнювань, перш ніж спробувати відсканувати для оптимального посіву
вирівнювання

--кінець в кінець
все прочитане має вирівняти; без обрізання (увімкнено)

OR

--місцевий
локальне вирівнювання; кінці можуть бути м'яко підстрижені (вимкнені)

Підрахунок очок:
--ма
бонус матчу (0 фор --кінець в кінець, 2 для --місцевий)

--mp
максимальний штраф за невідповідність; нижча якість = нижчий штраф (6)

--np
штраф за не A/C/G/Ts в read/ref (1)

--rdg ,
прочитати пробіл відкритий, розширити штрафи (5,3)

--rfg ,
референтний розрив відкритий, продовжити штрафи (5,3)

--оцінка-хв мінімальна прийнятна оцінка вирівнювання з довжиною зчитування
(G,20,8 для локального, L,-0.6,-0.6 для наскрізного)

звітність:
(За замовчуванням)
шукайте кілька вирівнювань, найкраще звітуйте за допомогою MAPQ

OR

-k
звітувати до alns за читання; MAPQ не має значення

OR

-a/--все
звітувати про всі вирівнювання; дуже повільно, MAPQ не має значення

Зусилля:
-D
відмовитися від продовження після невдало розширюється поспіль (15)

-R
для читання з повторюваними насінням, спробуйте набори насіння (2)

Парний кінець:

-I/--мінини
мінімальна довжина фрагмента (0)

-X/--maxins
максимальна довжина фрагмента (500)

--фр/--rf/--ff -1, -2 товариші вирівнюють fw/rev, rev/fw, fw/fw (--фр)

--не змішаний
придушити непарне вирівнювання для парних читань

--не-дискордантні
придушити незгодні вирівнювання для парних читань

--не ластівчин хвіст
не співзвучні, коли партнери простягаються один повз одного

--не містить
не узгоджується, коли одне вирівнювання партнера містить інше

--без перекриття
не співзвучні, коли пари взагалі перекриваються

вихід:
-t/--час
роздрукувати час на настінному годиннику, затрачений на фази пошуку

--спокійно
не друкувати нічого в stderr, крім серйозних помилок

--met-файл
надіслати показники у файл на адресу (вимкнено)

--met-stderr
надсилати показники в stderr (вимкнено)

-- зустрівся
звітувати про внутрішні лічильники та показники кожного секунд (1)

--не-унал
придушити записи SAM для невирівняних читань

--без голови
придушити рядки заголовка, тобто рядки, які починаються з @

--без кв
придушити рядки заголовка @SQ

--rg-id
встановити ідентифікатор групи читання, відображений у рядку @RG та полі RG:Z: opt

--rg
додати ("lab:value") у рядок @RG заголовка SAM. Примітка: рядок @RG лише надруковано
коли --rg-id встановлено.

--omit-sec-seq
помістіть '*' в поля SEQ і QUAL для вторинного вирівнювання.

Продуктивність:
-p/--нитки кількість потоків вирівнювання для запуску (1)

--змінити порядок
змусити порядок виводу SAM відповідати порядку вхідного читання

--мм використовувати введення-виведення з відображенням пам'яті для індексу; багато краваток-метеликів можуть поділитися

Інший:
--qc-фільтр
відфільтрувати зчитування, які є поганими згідно з фільтром QSEQ

--насіння
насіння для генератора випадкових чисел (0)

--недетерміновані насіннєвий ранд. ген. довільно замість використання атрибутів read

-- версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти

-h/--допомога
роздрукувати це повідомлення про використання

Використовуйте bowtie2-align-s онлайн за допомогою служб onworks.net