Це команда bp_indexp, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bp_index.pl - індексує файли для використання bp_fetch.pl
СИНТАКСИС
bp_index.pl index_name file1 file2 тощо.
ОПИС
bp_index.pl створює індекс bioperl для файлів послідовності, указаних у списку аргументів,
під назвою індексу. Наприклад
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
побудує індекс під назвою «nrdb» як назву індексу для файлу nrdb.fasta, і
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
створить індекс під назвою swiss для всіх файлів у /data/swiss із розширенням .dat, який
знаходяться у форматі EMBL.
Індекси будуються за допомогою модулів Bio/Index/*, зокрема Bio::Index::EMBL та
модулі Bio::Index::Fasta. Будь-який сценарій, який використовує ці модулі, може використовувати індекс. А
Хорошим прикладом сценарію є bp_fetch, який отримує послідовності та передає їх у STDOUT, для
приклад
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
отримує послідовність ROA1_HUMAN зі швейцарського індексу та записує її у форматі fasta на STDOUT.
ВАРІАНТИ
-fmt - Fasta (за замовчуванням), swiss або EMBL
-реж - каталог, де знаходяться індексні файли
(перевизначає змінну середовища BIOPERL_INDEX)
Варіанти для експертного використання
-тип - DBM_тип файлу.
(замінює змінну середовища BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - повідомляти про кожне додавання індексу (налагодження)
НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ
bp_index і bp_fetch вказують, де знаходяться бази даних, використовуючи змінну середовища
BIOPERL_INDEX. Це можна змінити за допомогою параметра -dir. Значення за замовчуванням немає, отже
ви повинні використовувати параметр -dir або встановити BIOPERL_INDEX.
Тип БД узгоджується з BIOPERL_INDEX_TYPE, який, якщо його немає, за замовчуванням
незалежно від встановлених модулів bioperl, для яких за замовчуванням використовується SDBM_File.
ВИКОРИСТАННЯ IT СЕБЕ
bp_index.pl — це скрипт, який керує модулями Index. Якщо ви хочете використовувати цей скрипт
значною мірою у вашій роботі, якщо вона заснована на Perl, майже напевно краще подивитися на
код у цьому сценарії та скопіюйте його (імовірно, ви, швидше за все, захочете використати
код bp_fetch).
РОЗДОВЖЕННЯ IT
bp_index — це лише обгортка чудових модулів індексу Джеймса Гілберта, знайдених у bioperl
ЗВ'ЯЗОК
Розсилка списки
Відгуки користувачів є невід’ємною частиною розвитку цього та інших модулів Bioperl. Надіслати
Ваші коментарі та пропозиції бажано надсилати до списку розсилки Bioperl. Ваша участь
дуже цінується.
[захищено електронною поштою] - Загальне обговорення
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Про списки розсилки
Звітність Помилки
Повідомляйте про помилки в систему відстеження помилок Bioperl, щоб допомогти нам відстежувати помилки та їх
резолюція. Звіти про помилки можна надсилати через Інтернет:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
АВТОР - Ewan Бірні
Юен Бірні[захищено електронною поштою]>
Використовуйте bp_indexp онлайн за допомогою сервісів onworks.net
