bp_seqfeature_loadp - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

bp_seqfeature_load.pl - завантажити GFF в базу даних SeqFeature

ОПИС

Передайте будь-яку кількість файлів у форматі GFF або fasta (або GFF з вбудованим fasta), щоб завантажити
функції та послідовності в базу даних SeqFeature. База даних (і адаптер) для використання
вказано в командному рядку. Використовуйте прапорець --create, щоб створити нову базу даних SeqFeature.

СИНТАКСИС

bp_seqfeature_load.pl [параметри] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Спробуйте 'bp_seqfeature_load.pl --help' або '--man' для отримання додаткової інформації.

ВАРІАНТИ

-d, --dsn
Джерело даних DBI (за замовчуванням dbi:mysql:test)

-n, --простір імен
Використовуваний префікс таблиці (за замовчуванням undef) Дозволяє декілька незалежних функцій послідовності
бази даних, які будуть зберігатися в одній базі даних

-s, --seqфункція
Тип SeqFeature для створення... RTSC (за замовчуванням Bio::DB::SeqFeature)

-a, --адаптер
Адаптер зберігання (клас) для використання (за замовчуванням DBI::mysql)

-v, -- багатослівний
Увімкнути докладні звіти про прогрес (за умовчанням – true) Використовуйте --noverbose, щоб вимкнути цю функцію.

-f, --швидкий
Активуйте швидке завантаження. (за замовчуванням 0) Доступно лише для деяких адаптерів.

-T, --тимчасовий-каталог
Вкажіть тимчасовий каталог для швидкого завантаження (за замовчуванням File::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Якщо true, ігноруйте директиви ##sequence-region у файлі GFF3 (за замовчуванням створіть
функція для кожного регіону)

-c, --створити
Створіть базу даних та повторно ініціалізуйте її (за замовчуванням false). Зауважте, це призведе до видалення попередньої
вміст бази даних, якщо такий є.

-u, --користувач
Користувач для підключення до бази даних як

-p, --пароль
Пароль для підключення до бази даних

-z, --zip
Стисніть таблиці бази даних, щоб заощадити місце (за замовчуванням false)

-S, --підпризнаки
Увімкнути індексацію підфункцій (за умовчанням – true) Використовуйте --nosubfeatures, щоб вимкнути цю функцію.

-- резюме
Створення підсумкової статистики для графіків покриття (за замовчуванням false) Це можна запустити на a
раніше завантажена база даних або під час завантаження. За замовчуванням буде значення true, якщо --create є
використаний

-N, --підсумок
Не створюйте підсумкову статистику, щоб заощадити місце та час завантаження (за замовчуванням якщо
--create не вказано, використовуйте цей параметр, щоб явно вимкнути підсумкову статистику
коли вказано --create)

--noalias-target
Не створюйте атрибут Alias, значенням якого є target_id в атрибуті Target (if
функція містить атрибут Target, за замовчуванням створюється атрибут Alias
значенням якого є target_id в атрибуті Target)

Див http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml для отримання інформації про GFF3
формат. BioPerl трохи розширює формат, додаючи директиву ##index-subfeatures. Набір
це до істинного значення, якщо ви бажаєте, щоб база даних могла отримати функції
окремі частини (наприклад, екзони транскрипту) незалежно від верхнього рівня
функції:

##index-subfeatures 1

Також можна контролювати індексацію підфункцій у кожному окремому випадку за допомогою
додавання "index=1" або "index=0" до списку атрибутів об'єкта. Це слід використовувати тільки
для підфункцій.

Індексація підфункцій за замовчуванням відповідає дійсності. Встановіть значення false (0), щоб заощадити багато місця в базі даних
і швидкісна продуктивність. Ви можете використовувати --nosubfeatures, щоб примусово це зробити.

Використовуйте bp_seqfeature_loadp онлайн за допомогою служб onworks.net