Це команда bp_sreformatp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bpsreformat - конвертувати формати послідовності
ОПИС
Цей сценарій використовує систему SeqIO, яка також дозволяє конвертувати формати послідовності
дані послідовності або дані вирівнювання кількох послідовностей. Назва походить від того, що Шон
Програма Eddy sreformat (частина пакета HMMER) це вже робить. Програма Шона намагається
щоб вгадати формати введення, поки в нашому коді ми вимагаємо, щоб ви вказали, що
вхідні та вихідні формати є і якщо дані отримані з вирівнювання кількох послідовностей або з
файли прямої послідовності.
Використання:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h/--help Роздрукувати цю довідку
-if/--informat Вкажіть формат введення
-of/--outformat Вкажіть вихідний формат
-i/--input Вкажіть ім'я вхідного файлу
(щоб передати дані на STDIN, використовуйте знак мінус як назву файлу)
-o/--output Вкажіть назву вихідного файлу
(щоб передати дані на STDOUT, використовуйте знак мінус як назву файлу)
--msa Вкажіть, що це дані вирівнювання кількох послідовностей
--special Передасть спеціальні параметри в AlignIO/SeqIO
об'єкт -- більшість із них призначені для об'єктів Bio::AlignIO
Перелік, розділений комами
nointerleaved -- для формату phylip,неперемежений
idlinebreak -- для phylip робить його форматом molphy
проценти -- для clustalw показувати % id на рядок
Використовуйте bp_sreformatp онлайн за допомогою служб onworks.net
