Це команда cmfetch, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
cmfetch - отримати коваріаційну модель(и) з файлу
СИНТАКСИС
cmfetch [параметри]
(отримує CM іменований )
cmfetch -f [параметри]
(отримує всі CM, перераховані в )
cmfetch --індекс [параметри]
(індекси для отримання)
ОПИС
Отримує один або кілька CM з an (наприклад, велика база даних Rfam).
Щоб увімкнути дуже швидке отримання, проіндексуйте по-перше, використовуючи cmfetch --індекс. Індекс
є двійковим файлом з іменем .ssi
Режим за замовчуванням полягає в тому, щоб отримати один CM за назвою або приєднанням, який називається . для
приклад:
% cmfetch Rfam.cm тРНК
% cmfetch Rfam.cm RF00005
З -f варіант, a Замість цього читається список з одного або кількох ключів.
Перше поле, розділене пробілами в кожному непустому рядку без коментарів
використовується як , і всі дані, що залишилися в рядку, ігноруються. Це дозволяє різноманітність
файлів даних, розділених пробілами, які будуть використовуватися як с.
При використанні -f і , if було проіндексовано, ключі витягуються в
порядку вони відбуваються в , але якщо не індексується, ключі витягуються в
порядку, в якому вони відбуваються . Це побічний ефект реалізації
дозволяє отримати кілька ключів, навіть якщо це потік, який не можна перемотувати, як
стандартна вхідна труба.
При нормальному використанні (без --індекс or -f варіанти), може бути "-" (тире), що означає
читання введених даних з stdin а не файл. З --індекс варіант може не бути
'-'; немає сенсу індексувати стандартний вхідний потік. З -f варіант, теж
or (але не обидва) може бути "-". Часто читати особливо корисно
зі стандартного введення, оскільки це дозволяє використовувати довільний командний рядок
виклики, щоб створити список імен або доступів CM, а потім отримати їх усі до нового файлу,
лише однією командою.
За замовчуванням CM друкується на стандартному виводі у форматі Infernal-1.1.
ВАРІАНТИ
-h Допомога; надрукувати коротке нагадування про використання командного рядка та всі доступні параметри.
-f Другим аргументом командного рядка є a замість єдиного . Команда
перше поле в кожному рядку використовується як пошуковий (ім'я CM
або приєднання). Порожні рядки та рядки коментарів (що починаються з символу #).
ігнорується.
-o Вивести CM(s) у файл замість стандартного виведення.
-O Вивести CM(s) в окремі файли з іменем замість стандартного виведення. З
-f це може призвести до створення багатьох файлів.
--індекс
Замість отримання одного чи кількох профілів із , індексувати та цінності
майбутні пошуки. Це створює а .ssi файл двійкового індексу.
Використовуйте cmfetch онлайн за допомогою служб onworks.net
