cmtk-warp - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

warp - B-сплайн нежорстка реєстрація

СИНТАКСИС

деформуватися ReferenceImage FloatingImage InitialXform

ОПИС

Ця програма виконує нежорстку реєстрацію зображень, використовуючи оптимізацію з багатьма роздільною здатністю
вимірювання подібності зображень на основі вокселів і перетворення B-сплайна з багатьма роздільною здатністю
модель.

ВАРІАНТИ

Глобальний Інструментарій Опції (ці він має загальні by всі CMTK інструменти)
--допомога
Запишіть список основних параметрів командного рядка до стандартного виводу.

--допомога-всім
Запишіть повний список основних і розширених параметрів командного рядка до стандартного виводу.

--вікі
Запишіть список параметрів командного рядка до стандартного виводу в розмітці MediaWiki.

-- чоловік
Запишіть джерело сторінки керівництва в розмітці 'nroff' до стандартного виводу.

--xml
Напишіть специфікацію синтаксису командного рядка в XML-розмітці (для інтеграції Slicer).

-- версія
Записати версію набору інструментів у стандартний вихід.

--луна
Запишіть поточний командний рядок у стандартний вихід.

--розширений рівень
Встановити рівень детальності.

-багатослівний, -v
Збільшити рівень детальності на 1 (не рекомендовано; підтримується для зворотної сумісності).

--нитки
Встановити максимальну кількість паралельних потоків (для потоків POSIX і OpenMP).

Перетворення імпорт-експорт
-- початковий
Ініціалізація перетворення з заданого шляху [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--write-itk-xform
Вихідний шлях для остаточного перетворення у форматі ITK [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--запис-переформатований
Напишіть переформатований плаваюче зображення. [За замовчуванням: НЕМАЄ]

Перетворення параметри
--розміщення сітки , -g
Відстань сітки контрольних точок [За замовчуванням: 15]

--точний інтервал
Використовуйте точний інтервал між контрольними точками; не змінюйте інтервал, щоб відповідати опорному зображенню
обмежувальний ящик

-- уточнити
Кількість уточнень (рівні роздільної здатності сітки контрольної точки) [За замовчуванням: 0]

--затримка-уточнення
Уточнення сітки контрольної точки затримки; спочатку перейдіть на наступну більшу роздільну здатність зображення

--ignore-edge
Ігноруйте n шарів контрольної точки вздовж кожної грані зображення [За замовчуванням: 0]

--обмежити
Обмежити деформацію для координатних вимірів [один або кілька із 'x', 'y', 'z']
[За замовчуванням: НЕМАЄ]

--no-adaptive-fix
Вимкнути адаптивну фіксацію контрольних точок; оптимізувати всі параметри деформації

--adaptive-fix-thresh
Пороговий коефіцієнт для ентропійного критерію для фіксації локальних контрольних точок [За замовчуванням: 0.5]

--точний
Точний режим обчислення: може дати трохи кращі результати після значного
довший обчислення [Це is за замовчуванням]

--швидко
Режим швидкого обчислення: може давати трохи гірші результати, ніж точний режим, але економить
значний процесорний час

--перемикач, -S
Змінити посилання та плаваюче зображення

Регуляризація параметри
--якобіанська вага
Вага для обмеження збереження локального обсягу на основі якобіану [За замовчуванням: 0]

--енергетична вага
Вага для обмеження енергії вигину сітки [За замовчуванням: 0]

--жорсткість-вага
Вага для локального обмеження жорсткості [За замовчуванням: 0]

--ic-вага
Вага для обмеження оберненої консистенції [За замовчуванням: 0]

-- розслабтеся
Коефіцієнт послаблення ваги для чергування ітерацій з невеликими обмеженнями [За замовчуванням: -1]

--розслабтеся, щоб розгорнути
Перед кожним рівнем роздільної здатності регулюйте негативні якобіані області деформації
розгорнути їх.

Оптимізація параметри
--розвідка , -e
Пошук космосу (початковий розмір кроку) [За замовчуванням: -1]

--точність , -a
Точність пошуку (розмір початкового кроку) [За замовчуванням: -1]

--степфактор , -f
Фактор зменшення розміру кроку пошуку. Має бути > 0.0 і < 1.0 [за замовчуванням: 0.5]
[За замовчуванням: 0.5]

--delta-f-поріг
Необов’язковий поріг для завершення оптимізації (рівень), якщо відносна зміна цілі
функція опускається нижче цього значення. [За замовчуванням: 0]

--no-maxnorm
Використовуйте норму Евкліда для нормалізації градієнта в оптимізації, а не максимальну норму

зображення дозвіл параметри
--відбір проб , -s
Вибірка зображення (найкраща роздільна здатність зображення із повторним вибіркою) [За замовчуванням: -1]

--найгрубіший
Верхня межа вибірки зображень в ієрархії з багатьма роздільною здатністю [За замовчуванням: -1]

--omit-original-data
Не використовуйте вихідні дані в повній роздільній здатності для остаточного етапу реєстрації.

зображення дані
--реєстраційно-метричний
Метрика реєстрації для оцінки руху шляхом реєстрації зображення в зображення. Підтримується
значення: "nmi", "mi", "cr", "msd", "ncc", де за замовчуванням є "nmi", або використовуйте один із
наступні:

--nmi
Нормована метрика взаємної інформації [Це is за замовчуванням]

--мі Стандартна метрика взаємної інформації

--кр Метрика коефіцієнта кореляції

--msd
Метрика середньоквадратичної різниці

--ncc
Нормована метрика взаємної кореляції

--матч-гістограми
Зіставте гістограму плаваючого зображення з гістограмою опорного зображення.

--сила-зовнішня-цінність
Примусьте значення за межами поля зору до цього значення, а не скидайте неповний піксель
пар [За замовчуванням: вимкнено]

Посилання зображення Попередня обробка
--class-ref
Клас даних: сірий (за замовчуванням) або мітка [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--pad-ref
Значення заповнення [За замовчуванням: вимкнено]

--порога-хв-реф
Порогове значення мінімального скорочення [За замовчуванням: вимкнено]

--thresh-max-ref
Максимальний поріг усічення значення [За замовчуванням: вимкнено]

--prune-gistogram-ref
Кількість блоків для обрізання на основі гістограми [За замовчуванням: вимкнено]

--гістограма-вирівнювання-реф
Застосувати вирівнювання гістограми

--sobel-filter-ref
Застосуйте фільтр визначення краю Собеля

--crop-index-ref
Область обрізання в координатах індексу пікселів [розібрано як %d,%d,%d,%d,%d,%d для
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--crop-world-ref
Обрізка області у світових координатах [розібрано як %f,%f,%f,%f,%f,%f для
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [За замовчуванням: НЕМАЄ]

Плаваючий зображення Попередня обробка
--class-flt
Клас даних: сірий (за замовчуванням) або мітка [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--pad-flt
Значення заповнення [За замовчуванням: вимкнено]

--молот-хв-флт
Порогове значення мінімального скорочення [За замовчуванням: вимкнено]

--thresh-max-flt
Максимальний поріг усічення значення [За замовчуванням: вимкнено]

--prune-gistogram-flt
Кількість блоків для обрізання на основі гістограми [За замовчуванням: вимкнено]

--гістограма-вирівнювання-flt
Застосувати вирівнювання гістограми

--sobel-filter-flt
Застосуйте фільтр визначення краю Собеля

--crop-index-flt
Область обрізання в координатах індексу пікселів [розібрано як %d,%d,%d,%d,%d,%d для
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--crop-world-flt
Обрізка області у світових координатах [розібрано як %f,%f,%f,%f,%f,%f для
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [За замовчуванням: НЕМАЄ]

Вихід параметри
-- перелік , -o
Вихідний шлях для остаточного перетворення [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--протокол , -p
Ім'я вихідного файлу протоколу оптимізації [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--час , -t
Ім'я вихідного файлу статистики часу обчислень [За замовчуванням: НЕМАЄ]

--проміжний вихід
Записати перетворення для кожного рівня [за замовчуванням: лише записати остаточне перетворення]

Зображення/Трансформація Database
--db
Шлях до бази даних зображень/трансформацій, яку слід оновити
реєстрації та/або переформатованого зображення. [За замовчуванням: НЕМАЄ]

AUTHORS

Торстен Ролфінг за участю Майкла П. Хасака, Грега Джеффріса, Келвіна Р.
Маурер, Даніель Б. Руссаков, Ярослав Гальченко

Використовуйте cmtk-warp онлайн за допомогою служб onworks.net