Це команда compalign, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
compalign - порівняння двох множинних вирівнювань
СИНТАКСИС
узгоджувати [-параметри]
ОПИС
узгоджувати обчислює дробову «тотожність» між довіреним вирівнюванням і тестом
вирівнювання. Два файли повинні містити точно однакові послідовності, в абсолютно однакових
порядку.
Ідентичність множинних вирівнювань послідовностей визначається як усереднена ідентичність за
всі N(N-1)/2 попарні вирівнювання.
Дробова тотожність двох наборів попарних вирівнювань, у свою чергу, визначається наступним чином
(для вирівняних відомих послідовностей k1 і k2 і вирівняних тестових послідовностей t1 і t2):
відповідні стовпці / загальна кількість стовпців
де загальна кількість стовпців = загальна кількість стовпців, у яких є
дійсний (непропускний) символ у k1 або k2;
відповідні стовпці = кількість стовпців, у яких один із
вірно наступне:
k1 і k2 обидва мають дійсні символи в заданому стовпці; t1 і t2
мають однакові символи, вирівняні в стовпці t1/t2
вирівнювання;
k1 має символ, вирівняний з проміжком у k2; цей символ у t1 є
також вирівняний з проміжком;
k2 має символ, вирівняний з проміжком у k1; цей символ у t2 є
також вирівняний з проміжком.
Оскільки обчислюються бали для всіх можливих пар, алгоритм має порядок (N^2)L для
N послідовностей довжиною L; великі набори послідовностей триватимуть деякий час.
ВАРІАНТИ
Доступні опції:
-h Роздрукуйте коротку довідку та інформацію про використання.
-c Порівнюйте лише під позначкою #=CS консенсусна структура.
--інформація
Вкажіть, що обидва вирівнювання мають формат (наприклад, MSF).
--спокійно
Придушити багатослівний заголовок (використовується в регресійному тестуванні).
Використовуйте compalign онлайн за допомогою служб onworks.net
