Це команда cpgplote, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
cpgplot - Ідентифікувати та побудувати CpG-острівці в нуклеотидній послідовності(ях)
СИНТАКСИС
cpgplot - послідовність seqall -вікно ціле -мінлен ціле -міно плавати -minpc плавати
- вихідний файл вихідний файл - сюжет переключитися -граф ксиграф - obsexp boolean -cg boolean
-pc boolean -подвиг featout
cpgplot -допомога
ОПИС
cpgplot — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) "Nucleic:CpG Islands".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
Вимагається розділ
-вікно ціле
Відсоток вмісту CG та спостережувана частота CG розраховується в межах a
вікно, розмір якого задається цим параметром. Вікно переміщується вниз за послідовністю і
ця статистика обчислюється для кожної позиції, до якої переміщується вікно. За замовчуванням
значення: 100
-мінлен ціле
Це встановлює мінімальну довжину CpG-острівця, перш ніж він буде повідомлений.
Значення за замовчуванням: 200
-міно плавати
Це встановлює мінімальне середнє спостережуване та очікуване співвідношення C плюс G до CpG у наборі
з 10 вікон, які потрібні перед повідомленням про острів CpG. Значення за замовчуванням: 0.6
-minpc плавати
Це встановлює мінімальний середній відсоток G плюс C для набору з 10 вікон
потрібно перед повідомленням про острів CpG. Значення за замовчуванням: 50.
Вихід розділ
- вихідний файл вихідний файл
Це встановлює ім’я файлу, що містить звіт про назву вхідної послідовності, CpG
параметри острова та вихідні дані будь-яких знайдених островів CpG.
- сюжет переключитися
Значення за замовчуванням: Y
-граф ксиграф
- obsexp boolean
Якщо для цього значення встановлено значення true, то графік відношення спостережуваного до очікуваного відношення C плюс G до
CpG у вікні відображається. Значення за замовчуванням: Y
-cg boolean
Якщо для цього значення встановлено значення true, то графік регіонів, які були визначені як
Відображаються острови CpG. Значення за замовчуванням: Y
-pc boolean
Якщо для цього значення встановлено значення true, то графік відсотка C плюс G у вікні буде таким
відображається. Значення за замовчуванням: Y
-подвиг featout
Файл для вихідних функцій
Використовуйте cpgplote онлайн за допомогою служб onworks.net
