daligner - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

daligner - вирівнювач тривалого читання

СИНТАКСИС

далігнер [-vbAI][-kInt(14)] [-wInt(6)] [-hInt(35)] [-tInt] [-MInt] [-eподвійний (.70)]
[-lInt(1000)] [-sInt(100)] [-HInt] [-mтрек]+ тема:db|dam target:db|dam ...

ОПИС

Порівняйте послідовності в обрізаних тема заблокувати проти тих, хто в списку мета Блоки
пошук локальних маршрутів за участю принаймні -l пари основ (за замовчуванням 1000) або більше,
які мають середню швидкість кореляції -e (за замовчуванням 70%). Знайдено локальні розклади
буде виведено в розрідженому кодуванні, де кожна точка трасування на вирівнюванні записується
-s пари основ a-read (за замовчуванням 100 bp). Читання порівнюються в обох орієнтаціях і
локальні вирівнювання, що відповідають критеріям, виводяться в один із кількох описаних файлів
нижче. -v опція вмикає режим детального звітування, який надає статистику по кожному
основний етап розрахунку.

Варіанти -k, -h та -w контролювати початковий пошук фільтрації для можливих збігів
між читаннями. Зокрема, наш код пошуку шукає пару діагональних смуг ширини
2^w (за замовчуванням 2^6 = 64), які містять колекцію точно відповідних k-мерів (за замовчуванням 14)
між двома читаннями, так що загальна кількість баз, охоплених зверненнями k-mer, становить h
(за замовчуванням 35). k не може перевищувати 32 у поточній реалізації. Якщо -b варіант
встановлено, то далігнер припускає, що дані мають сильну композиційну похибку (наприклад, >65% AT
rich), і ціною трохи більше часу динамічно налаштовує розміри k-mer залежно від
композиційне зміщення, так що використовувані мери мають ефективну специфічність 4^k.

Якщо є один або кілька інтервальних треків, указаних у -m опція, потім читає
DB або DB, до яких застосовується маска, м’яко маскуються з об’єднанням інтервалів
усіх відповідних інтервальних доріжок, тобто будь-які k-мери, які містять будь-які основи в будь-якому з
замасковані інтервали ігноруються для цілей посіву матчу. Інтервальний трек
це трек, такий як "пиловий" трек, створений DBdust, який кодує набір інтервалів
над необрізаною або обрізаною БД.

Завжди деякі k-мери представлені значно надмірно (наприклад, гомополімерні цикли).
Ці к-мери створюють надмірну кількість відповідних пар к-мерів, і якщо їх не розглядати,
викликають переповнення daligner доступної фізичної пам'яті. Один із способів впоратися з цим - це
явно встановити -t параметр, який пригнічує використання будь-якого k-mer, який зустрічається частіше
ніж t разів у тематичному або цільовому блоці. Однак кращий спосіб обробки
ситуація полягає в тому, щоб дозволити програмі автоматично вибрати значення t що відповідає даному
ліміт використання пам’яті, визначений (у Гб). -M параметр. За замовчуванням далігнер буде використовувати
обсяг фізичної пам'яті як вибір для -M. Якщо ви хочете використовувати менше, скажіть лише 8 Гб
на вузлі кластера HPC 24 Гбіт, тому що ви хочете запустити 3 далігнер робочих місць на вузлі, потім
вкажіть -M8. Уточнення -M0 в основному вказує на те, що ви не хочете далігнер до себе
налаштувати придушення k-mer відповідно до заданого обсягу пам’яті.

Для кожного предмета виберіть цільову пару блоків, скажімо, X і Y, програма повідомляє про вирівнювання
a-читання знаходиться в X, а b-читання – в Y, і навпаки. Однак, якщо -A опція
набір ("A" означає "асиметричний"), тоді просто накладається, де a-read знаходиться в X, а b-read є
в Y повідомляється, і якщо X = Y, то далі повідомляється лише про ті перекриття, де
індекс a-read менший за індекс b-read. У будь-якому випадку, якщо -I встановлено параметр ("Я"
для "ідентичності"), тоді, коли X = Y, накладання між різними частинами одного і того ж читання буде
також можна знайти та повідомити.

Кожне знайдене вирівнювання записується як -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- де a і b є
індекси (у скороченій БД) зчитувань, які перекриваються, o вказує, чи є b-читання
з того самого або протилежного ланцюга, а [ab,ae] і [bb,be] є інтервалами a і bo,
відповідно, що вирівнюють. Програма розміщує ці записи вирівнювання у файлах, ім'я яких
має форму XY[C|N]#.las, де C вказує, що b-зчитування доповнюються, а N
вказує на те, що вони не є (виконуються обидва порівняння), а # означає виявлений потік
і виписав колекцію вирівнювання, що міститься у файлі. Це файл
XYO#.las містить вирівнювання, створене потоком #, для якого a-зчитування є з X і
b-зчитування від Y і в орієнтації O. Команда далігнер -A X Y створює 2*NTHREAD
потоки файлів XY?.las і далігнер X Y створює 4*NTHREAD файли XY?.las і YX?.las
(якщо тільки X=Y у цьому випадку створюються лише файли NTHREAD, XX?.las).

За замовчуванням далігнер порівнює всі збіги між читаннями в базі даних, які є більшими
ніж мінімальне обмеження, встановлене під час розділення БД або БД, як правило, 1 або 2 Кбіт/с. однак,
конвеєр збірки HGAP хоче лише виправити великі зчитування, скажімо, 8 Кбіт або більше, і тому
потребує лише перекривань, де a-read є одним із великих читань. Встановивши -H
параметр, щоб сказати N, один змінюється далігнер так що він повідомляє лише про перекриття, де a-читається
має довжину понад N пар основ.

Хоча налаштування параметрів за замовчуванням підходять для необроблених даних Pacbio, далігнер може бути використаний
для ефективного пошуку вирівнювання у виправлених зчитуваннях або інших менш шумних зчитуваннях. для
наприклад, для відображення програм із .dams ми запускаємо

далігнер -k20 -h60 -e. 85

і на виправлених читаннях ми зазвичай запускаємо

далігнер -k25 -w5 -h60 -e. 95 -s500

і на цих налаштуваннях це дуже швидко.

Використовуйте daligner онлайн за допомогою сервісів onworks.net