dcmstack - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

dcmstack - конвертер DICOM в NIfTI

ОПИС

використання: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--регулярні вирази за замовчуванням] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs ...]]

Складайте файли DICOM з кожного вихідного каталогу у 2D-5D-томи, за бажанням витягуючи
мета-дані.

позиційний аргументи:
src_dirs
Вихідні каталоги, що містять файли DICOM.

необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти

вхід опції:
--примусово прочитати
Спробуйте прочитати всі файли як DICOM, навіть якщо в них відсутня преамбула.

--file-ext FILE_EXT
Спробуйте читати лише файли з вказаним розширенням. За замовчуванням: .dcm

--пусть-чайники
Дозволити файли DICOM, у яких відсутні піксельні дані, заповнюючи цей фрагмент виводу
nifti з максимальним представленим значенням.

Вихід опції:
--dest-dir DEST_DIR
Каталог призначення, за замовчуванням – вихідний каталог.

-o OUTPUT_NAME, --назва-виведення OUTPUT_NAME
Рядок формату Python, що визначає імена вихідних файлів на основі тегів DICOM.

--output-ext OUTPUT_EXT
Розширення для типу вихідного файлу. За замовчуванням: .nii.gz

-d, --dump-meta
Дамп витягнутих метаданих у файл JSON з такою ж базовою назвою, що й
створив Nifti

--embed-meta
Вставте витягнуті метадані в розширення заголовка Nifti (у форматі JSON).

Укладання варіанти:
-g GROUP_BY, --група за GROUP_BY
Розділений комами список ключів метаданих для групування вхідних файлів у стеки.

--воксельний порядок VOXEL_ORDER
Розташуйте воксели так, щоб просторові індекси починалися з цих напрямків у пацієнта
простір. Інструкції в просторі пацієнта мають бути подані у вигляді коду з трьох символів:
(l) лівий, (прав) правий, (a) внутрішній, (p) задній, (s) верхній, (i) нижній. Передача порожнього
рядок вимкне переорієнтацію. За замовчуванням: LAS

-t TIME_VAR, --time-вар TIME_VAR
Ключове слово елемента DICOM для впорядкування стека за виміром часу.

--вектор-вар VECTOR_VAR
Ключове слово елемента DICOM для впорядкування стека по векторному виміру.

--часовий порядок TIME_ORDER
Надайте текстовий файл із бажаним порядком значень (по одному на рядок).
атрибут, що використовується як змінна часу. Ця опція рідко потрібна.

--векторний порядок VECTOR_ORDER
Надайте текстовий файл із бажаним порядком значень (по одному на рядок).
атрибут, що використовується як векторна змінна. Ця опція рідко потрібна.

Meta Видобуток та фільтрація варіанти:
-l, --список-перекладачів
Перелік увімкнених перекладачів і вихід

--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR
Вимкніть перекладачі для наданих тегів. Теги слід надавати у форматі
"0x0_0x0". У списку, розділеному комами, можна вказати більше одного. Якщо слово "все"
надається, усі перекладачі будуть вимкнені.

--екстракт-приватний
Витягніть метадані з приватних елементів, навіть якщо немає перекладача. Якщо
значення для елемента містить не-ascii байти, воно все одно буде ігноруватися. The
вилучені метадані все ще можуть бути відфільтровані регулярними виразами.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Включіть будь-які метадані, ключ яких відповідає наданому регулярному виразу. Це
замінить будь-які вирази виключення. Застосовується до всіх метаданих.

-e EXCLUDE_REGEX, --exclude-regex EXCLUDE_REGEX
Виключіть будь-які метадані, ключ яких відповідає наданому регулярному виразу. Це
доповнить вирази виключення за замовчуванням. Застосовується до всіх метаданих.

--регулярні вирази за замовчуванням
Роздрукуйте список стандартних включення та виключення регулярних виразів та вихід.

Загальне варіанти:
-v, -багатослівний
Роздрукуйте додаткову інформацію.

--суворий
Помилка за першим винятком замість показу попередження.

-- версія
Покажіть версію та вийдіть.

ВІДПОВІДАЛЬНІСТЬ ЗА ЗНАТИ, ЧИ Є ПРИВАТНА ІНФОРМАЦІЯ ПРО ЗДОРОВ'Я У МЕТАДАНИХ
ДОБАВЛЯЄТЬСЯ ЗА ЦІЄЮ ПРОГРАМОЮ.

Використовуйте dcmstack онлайн за допомогою служб onworks.net