Це команда demux, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
demux - конвертує обмеження відстані XPLOR у формат Gromacs
СИНТАКСИС
демукс md0.log додатково
ОПИС
Якщо ви хочете знову зробити свої траєкторії безперервними, ви можете скористатися демукс читати
ваш файл md0.log (ви можете об’єднати кілька, якщо необхідно) і створіть кілька вихідних даних
файли. Одним із них є файл .xvg (replica_ndx.xvg), які можна передати trjcat(1) по
з оригінальними файлами траєкторій, щоб створювати безперервні траєкторії. Інші
файл (replica_temp.xvg) містить температури для кожної репліки, починаючи з
вихідна температура. Отже, якщо ваша копія, яка вас цікавить, починається, скажімо, з 300 K, ви можете слідкувати
його траєкторія через температурний простір. Було б цікаво додати дещо
функціональність для створення гістограм розподілу температури для кожної репліки, яка
на думку більшості авторів, має бути плоским. Делюксовані траєкторії можна використовувати з
g_kinetics(1) для отримання кінетики згортання білка з траєкторій REMD.
ВАРІАНТИ
md0.log Файл журналу пробігу траєкторії, який ви хочете зробити безперервним. Може бути кілька файлів
додані разом.
додатково Скільки разів буде скопійовано кожен запис у файлі журналу. (ціле)
ОБМЕЖЕННЯ
Якщо ваш обмін відбувався кожні N ps і ви зберігали кожну M ps, ви можете зробити для зниклих
кадри за установкою додатково до (N/M - 1). Якщо N/M не є цілим числом, вам не пощастило
взагалі не зможе демультифікувати ваші траєкторії.
Використовуйте demux онлайн за допомогою сервісів onworks.net