diaalign-tx - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

diaalign-tx - вирівнювання кількох послідовностей на основі сегментів

СИНТАКСИС

diaalign-tx [ВАРІАНТИ] {conf-каталог} {fasta-файл} [швидко-вихідний файл]

ОПИС

DIALIGN-TX – це вдосконалений алгоритм для вирівнювання кількох білків на основі сегментів.
DIALIGN-TX – це повна реалізація підходу на основі сегментної бази, включаючи декілька
нові вдосконалення та евристики, які значно підвищують якість виходу
вирівнювання порівняно з DIALIGN 2.2. Ця значна перевага спостерігалася на
локальні, а також на глобальних контрольних показниках вирівнювання.

ВАРІАНТИ

-d
Режим налагодження [ЗА УМОВЧАННЯМ 0]

0 немає операторів налагодження

1 налагоджує поточну фазу обробки

2 дуже словомовне налагодження

5 хардкорне налагодження

-s
Максимальна кількість вхідних послідовностей [ЗА УМОВЧАННЯМ 5000].

-a
Максимальна кількість символів на рядок у файлі FASTA [ЗА УМОВЧАННЯМ 100].

-c
Максимальна кількість символів у рядку під час друку послідовності [ЗА УМОВЧАННЯМ 80].

-l
режим чутливості, чим вище рівень, тим менше ймовірність помилкових випадкових фрагментів
вирівняно за локальним вирівнюванням [ЗА УМОВЧАННЯМ 0]

0 вимкнено

1 рівень-1, знижена чутливість

2 рівень-2, сильно знижена чутливість

-m
Ім'я файлу матриці оцінок (у каталозі конфігурації) [БІЛК ЗА ЗМОВЧАННЯМ: BLOSUM.scr]
/ [ДНК за замовчуванням: dna_matrix.scr].

-w
Визначає мінімальну вагу, коли формулу ваги змінено на 1-pow(1-prob, factor)
[ЗА УМОВЧАННЯМ 0.000000065].

-p
Ім'я файлу розподілу ймовірностей (у каталозі конфігурації) [БІЛК ЗА ЗМОВЧАННЯМ:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [ДНК за замовчуванням: dna_diag_prob_100_exp_550000].

-v
Додайте до кожної оцінки (щоб уникнути негативних значень) [ЗА УМОВЧАННЯМ 0].

-t

«Рівний» поріг низької оцінки для вирівнювання послідовностей [ЗА УМОВЧАННЯМ ПРОТЕІН: 4] / [ЗА УМОВЧАННЯМ
ДНК: 0].

-n
Максимальна кількість послідовних позицій для вікна, що містить низькі позиції
[БІЛК ЗА УМОВЧАННЯМ: 4] / [ДНК ЗА УМОВЧАННЯМ: 1].

-g
Глобальна мінімальна довжина фрагмента для критерію зупинки [ЗА УМОВЧАННЯМ ПРОТЕІН: 40] / [ЗА УМОВЧАННЯМ
ДНК: 1].

-m
Мінімально дозволений середній бал у вікні фрагментів, що містить низькі позиції [ЗА УМОВЧАННЯМ
БІЛК: 4.0] / [ДНК за замовчуванням: 0.9].

-o
Чи розраховується ваги перекриття чи ні [ЗА УМОВЧАННЯМ 0].

-f
Мінімальна довжина фрагмента [ЗА УМОВЧАННЯМ 1].

-r
Порогова вага для розгляду фрагмента взагалі [DEFAULT 0.0].

-u
[ЗА УМОВЧАННЯМ 0]

1: Використовуйте лише смугу сусідніх послідовностей sqrt(amount_of_seqs).
обчислити попарне вирівнювання (збільшити продуктивність).

0: будуть розраховані всі попарні вирівнювання.

-A
Необов'язковий файл прив'язки. [ЗА УМОВЧАННЯМ немає]

-D
Вхідними є ДНК-послідовність.

-T
Переведіть ДНК в амінокислоти від початку до кінця (довжина буде скорочена до мод 3 = 0).

попередження
Не використовувати -D за допомогою цієї опції (буде завантажено значення за замовчуванням для введення ПРОТЕІН).

-L
Порівняйте лише найдовшу відкриту рамку читання.

попередження
Не використовувати -D за допомогою цієї опції (буде завантажено значення за замовчуванням для введення ПРОТЕІН).

-O
Переведіть ДНК в амінокислоти, рамку зчитування для кожної послідовності розрахували за її
найдовша ORF.

попередження
Не використовувати -D за допомогою цієї опції (буде завантажено значення за замовчуванням для введення ПРОТЕІН).

-P
Вихід в амінокислотах, без повторної трансляції послідовностей ДНК [ЗА УМОВЧАННЯМ: вхід = вихід].

-F
Швидкий режим (має на увазі -l0, оскільки він вже значно знижує чутливість).

-C
Створіть таблицю ймовірностей, збережену в /usr/share/dialign-tx/prob_table, і вийдіть.

-H, -h
Роздрукуйте це повідомлення.

Використовуйте diaalign-tx онлайн за допомогою служб onworks.net