Це команда disulfinder, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
дисульфіндер - стан зв'язку дисульфіду цистеїну і предиктор зв'язку
СИНТАКСИС
дисульфіндер [ПАРАЦІЇ]
ОПИС
«дисульфіндер» призначений для прогнозування стану дисульфідного зв’язку цистеїнів та їх
дисульфідна з'єднання, починаючи з однієї послідовності. Велику роль відіграють дисульфідні містки
у стабілізації процесу згортання для кількох білків. Прогноз дисульфіду
мости лише з послідовності, тому корисні для вивчення структурних і функціональних
властивості специфічних білків. Крім того, знання про стан дисульфідного зв’язку
цистеїнів може допомогти в процесі визначення експериментальної структури і може бути корисним
в інших задачах геномної анотації. 'disulfinder' прогнозує дисульфідні структури в двох
обчислювальні етапи: (1) стан дисульфідного зв’язку кожного цистеїну прогнозується за допомогою
двійковий класифікатор BRNN-SVM; (2) цистеїни, які, як відомо, беруть участь у формуванні
мостів об’єднуються рекурсивною нейронною мережею для отримання шаблону підключення.
Посилання
А. Чероні, А. Пассеріні, А. Вулло та П. Фрасконі. ДИСУЛЬФІД: дисульфідний зв'язуючий стан
і Cysteine Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (веб-сервер
випуск): W177-W181, 2006.
Для прогнозування дисульфідного зв’язку див.:
А. Вулло та П. Фрасконі. Прогноз дисульфідного зв’язку за допомогою рекурсивної нейронної системи
Мережі та еволюційна інформація, Біоінформатика, 20, 653-659, 2004.
Для прогнозування стану зв’язування цистеїну див.
П. Фрасконі, А. Пассеріні та А. Вулло. Двоступенева архітектура SVM для прогнозування
Стан зв'язування дисульфіду цистеїнів, Proc. Семінар IEEE з нейронних мереж для сигналу
Обробка, с.25-34, 2002.
А.Чероні, П.Фрасконі, А.Пассеріні та А.Вулло. Прогнозування стану дисульфідного зв’язку
Цистеїни з комбінаціями ядерних машин, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.
ВАРІАНТИ
-a, --альтернативи=НОМЕР
альтернативні моделі підключення (за замовчуванням=3)
-o, --вихід=DIR
вихідний каталог, де будуть збережені передбачення (за замовчуванням=$PWD)
-p, --psi2=ФАЙЛ|ДІР
введення у форматі psi2 (PSI-BLAST Matrix в ASCII), або один файл, або
каталог (?). Згенеруйте це за допомогою «blastpgp -j -Q ФАЙЛ", де N >= 2.
-r, --rootdir=DIR
робочий каталог (за замовчуванням=~/дисульфіндер)
-k, --pkgdatadir=DIR
каталог даних пакета, що містить моделі (за замовчуванням=/usr/share/disulfinder)
-F, --format={html|ascii}
тип вихідного формату (за замовчуванням=ascii)
-d --blastdb=DIR
Параметр blastpgp -d (за замовчуванням=/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
очистити проміжні файли передбачення (за замовчуванням=false)
-П, --усепссм
використовувати pssm замість лічильників для профілів (за замовчуванням=false)
-C, --відомий стан зв'язку
припустимо, що стан зв’язування відомий (один файл для кожного ланцюжка в каталозі
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (за замовчуванням=false)
-v, --версія
дисульфіндерна версія
-?, --допоможіть
екран довідки
ПРИКЛАДИ
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
Використовуйте дисульфіндер онлайн, використовуючи служби onworks.net
