Це команда e-PCR, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
e-PCR — Знайдіть сайти, позначені послідовностями (STS) у послідовностях ДНК
СИНТАКСИС
е-ПЛР [-hV] [posix-параметри] stsfile [швидко ...] [compat-options]
ОПИС
Програма замінює вибух у розташування пар праймерів на геномі, які можуть
дають продукт ПЛР.
ВАРІАНТИ
posix-опції:
-m=## Маржа (за замовчуванням 50)
-w=## Розмір слова (за замовчуванням 7)
-n=## Максимально допустимі невідповідності (за замовчуванням 0)
-g=## Максимальна кількість дозволених інделей (за замовчуванням 0)
-f=## Використовуйте ## несумісні слова, повільно, якщо ##>1
-о=## Встановити вихідний файл
-t=## Встановити вихідний формат:
1 - класика, діапазон (pos1..pos2)
2 - класичний, середня точка
3 - табличний
4 - табличний з вирівнюванням у коментарях (повільно)
-d=##-## Установити діапазон розмірів за замовчуванням (за замовчуванням 100-350)
-p=+- Увімкнути/вимкнути постобробку звернень
-v=## Прапори багатослівності
-a=a|f Використовуйте вирівнювання попереднього розміру (тільки якщо пропуски>0), повільно
a - Завжди або f - як запасний варіант
-x=+- Використовувати 5'-кінець нижнього регістру маскування праймерів (за замовчуванням -)
-u=+- Усі праймери у верхньому регістрі (за замовчуванням -)
compat-options (дубльовані posix-options).
M=## Маржа (за замовчуванням 50)
W=## Розмір слова (за замовчуванням 7)
N=## Дозволена кількість невідповідностей (за замовчуванням 0)
G=## Максимальна кількість дозволених інделей (за замовчуванням 0)
F=## Використовуйте ## розривні слова
O=## Установити вихідний файл на ##
T=## Встановити вихідний формат (1..3)
D=##-## Установити діапазон розмірів за замовчуванням
P=+- Увімкнення/вимкнення постпроцесу
V=## Прапори багатослівності
A=a|f Використовуйте вирівнювання попереднього розміру (тільки якщо пропуски>0), повільно
a - Завжди або f - як запасний варіант
X=+- Використовувати 5'-кінець нижнього регістру маскування праймерів (за замовчуванням -)
U=+- Усі праймери у верхньому регістрі (за замовчуванням -)
-середина Те саме, що T=2
Для отримання інформації щодо інших варіантів просто телефонуйте е-ПЛР без будь-яких варіантів.
Використовуйте e-PCR онлайн за допомогою сервісів onworks.net