exonerate-server - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

exonerate-server - сервер порівняння послідовності для exonerate

СИНТАКСИС

звільняє-сервер [ опції ] <індекс шлях>

ОПИС

звільняє-сервер є багатопоточним сервером для програми вирівнювання послідовності exonerate.

Він використовує набір послідовностей і відповідний файл індексу, щоб швидко обробляти великі набори даних.

ОГЛЯД

По-перше, .esd файл повинен бути створений з файлів послідовності. The .esd файл є Exonerate
Файл набору даних послідовності, який можна використовувати для групування будь-якого набору послідовностей, де кожна з них
послідовності, що містять унікальні ідентифікатори. Це робиться за допомогою fasta2esd утиліта

fasta2esd геном.fasta genome.esd

Далі, an .esi файл my be made from the .esd файл. The .esi файл є послідовністю виправдання
Індексний файл і містить індекс або набір індексів, що відповідають певному набору даних.
Це робиться за допомогою esd2esi утиліта

esd2esi genome.esd genome.esi

Після .esi файл згенеровано, можна запустити exonerate-server.

звільняє-сервер genome.esi

Під час роботи сервера exonerate можна використовувати для запиту сервера, замінивши
цільові послідовності в командному рядку з назвою сервера та номером порту. The
Номер порту за замовчуванням для сервера exonerate — 12886.

звільняти query.fasta localhost: 12886

ВАРІАНТИ

Деякі параметри командного рядка для exonerate-server такі ж, як і для
exonerate client, і вони задокументовані на сторінці керівництва для виправдовувати. Команда
інші варіанти, які є специфічними для звільняє-сервер задокументовані тут.

--порт
Вкажіть порт, на якому сервер повинен слухати. За замовчуванням, звільняє-сервер
слухатиме порт 12886, але за допомогою цієї опції можна вказати альтернативні порти.

--вхід <індекс файл>
Вкажіть файл індексу, який буде використовуватися під час запуску сервера. Цей варіант є
обов'язковим. Індексним файлом є a .esi файл, створений за допомогою esd2esi утиліта

--попереднє завантаження
За замовчуванням індекси, що містяться в .esi файл і послідовності, на які посилаються в
відповідна .esd файли завантажуються в пам'ять під час запуску сервера.
Це необхідно для досягнення швидкої продуктивності, яка в іншому випадку була б ускладнена
часті звернення до диска. Цей параметр дозволяє попередньо завантажувати індекс і послідовність
вимкнено, що дозволяє серверу працювати набагато повільніше, але при цьому швидше
запуск і менший обсяг пам'яті. Не рекомендується вимикати попереднє завантаження
якщо не тестувати чи налагоджувати сервер.

--максимальне з'єднання
Сервер багатопотоковий. Цей параметр встановлює кількість клієнтських процесів, які
дозволяється підключатися до сервера одночасно. Для хорошої продуктивності, це
не можна встановлювати більше, ніж кількість ЦП на машині, на якій
сервер працює.

-- багатослівність
Встановіть рівень детальності для сервера. Якщо він дорівнює нулю, сервер буде мовчати,
і чим більше число, тим більше повідомлень повідомляє сервер про що
стається.

ІНТЕРФЕЙС

Цей розділ документує комунікаційний інтерфейс між
клієнт і сервер. Інтерфейс документований для людей, які бажають писати
їхній власний сервер, який стоїть за exonerate - для нормального використання exonerate, це
це знати не обов'язково.

Інтерфейс працює так, що клієнт надсилає прості командні рядки, а сервер надсилає
прості лінії відповіді над сокетом. Усі команди та відповіді є простими рядками ASCII
текст, тому можна використовувати telnet як клієнт для тестування сервера.

Будь-яка команда — це один рядок тексту, але відповідь може містити багато рядків тексту. The
відповіді у формі :

Будь-яка відповідь може містити рядки з тегом увага: or помилка: Ці увага: та помилка: теги
відображаються клієнтом, і клієнт вийде після отримання будь-якого помилка: відповідь.

Коли сервер повертає багаторядкову відповідь, перший рядок повинен показувати кількість
рядки у всій відповіді як: кількість рядків: Для прикладів дивіться відповіді від отримати
hsps команд у наведеному нижче прикладі сеансу.

Клієнт відкриває лише одне з'єднання з будь-яким сервером, хоча і багатопоточним
Очевидно, що сервер потрібен, щоб дозволити кільком клієнтам підключатися одночасно.

Команди та відповіді використовуваний in та цінності Інтерфейс
команда: версія
Відповідь: версія

команда: вихід
Відповідь: (без відповіді - сервер закриває з'єднання)

команда: dbinfo
Відповідь: dbinfo:

Команда dbinfo команда повертає інформацію про базу даних, завантажену на сервер.
Повертаються поля:

або ДНК, або білок
або з м’якою маскою, або без маски
кількість послідовностей у базі даних
довжина найдовшої послідовності в базі даних
загальна довжина всіх послідовностей у базі даних

команда: пошук
Відповідь: пошук:

Команда пошуку використовується для зіставлення зовнішнього ідентифікатора з внутрішнім
ідентифікатор.

команда: отримати інформація
Відповідь: seqinfo: [ ]

Команда get info повертає інформацію про послідовність у базі даних. The
повертаються поля:

довжина послідовності
контрольна сума формату gcg (див. нижче)
зовнішній ідентифікатор (наприклад, із заголовка fasta)
рядок опису для послідовності (також із fasta
заголовок), це поле є необов’язковим і може бути опущено.

команда: отримати далі
Відповідь: seq:

Команда get seq повертає цілу послідовність в одному рядку.

команда: отримати п.п
Відповідь: subseq:

Команда get subseq повертає частину послідовності. Початок послідовності є
позиція нуль. наприклад get subseq 0 0 10 поверне перші 10 основ
перша послідовність у базі даних.

команда: комплект запит
Відповідь: добре:

Команда seq query використовується для відправки послідовності запитів на сервер. Це
повертає довжину послідовності та контрольну суму gcg

команда: revcomp
Відповідь: добре: пасмо

Команда revcomp query робить зворотний сервер доповненням запиту. Це
полягає в тому, щоб заощадити пропускну здатність двічі надіслати запит.

Команда revcomp target має наказати серверу розглядати базу даних як свою
зворотне доповнення. Клієнт надсилає цю команду лише під час пошуку a
перекладена база даних, тому не потрібно впроваджувати для більшості типів пошуку.

команда: комплект парам
Відповідь: добре:

Команда set parameter надсилає параметри з командного рядка exonerate до
сервер. Клієнт може ігнорувати всі ці команди для основного
реалізації, але не можна ігнорувати для оптимальної продуктивності.

команда: отримати hsps
Відповідь: hspset: { }
Або: hspset: порожній

Команда get hsps є основною командою для отримання наборів hsps. Сервер
може повертати кілька hspset. Повертаються поля:

Внутрішній ідентифікатор цільової послідовності для цих наборів HSP.
Початкова позиція запиту hsp
Початкова позиція цільової hsp
Довжина hsp

Останні три поля представляють HSP і можуть повторюватися багато разів на одному
hspset: рядок відповіді.

A простий приклад клієнт сервер діалог
% локального хосту telnet 12886
Спробуйте 127.0.0.1 ...
Підключено до localhost.localdomain.
Escape-символом є '^]'.
% версія
версія: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: днк softmasked 100000 1701 38113579
% пошуку AA159529.1
пошук: 88065
% отримати інформацію 88065
Seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Стратагенна підшлункова залоза (#937208) кДНК Homo sapiens
% отримати послідовність 88065
далі: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% отримати підпослідовність 88065 10 20
підпослідовність: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% набір запиту NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
добре: 62 2028
% отримати hsps
кількість рядків: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp запит
ok: запит рядка revcomp
% отримати hsps
кількість рядків: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% вихід
З’єднання закрито іноземним хостом.

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ

Ще не задокументовано.

ПРИКЛАДИ

1. Приклад створення перекладеного індексу та запуску швидкого пошуку protein2genom
звільняє-сервер

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --перекласти так human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi звільняє-сервер --порт 1234 human.genomic.trans.esi звільняти
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

Версія

Ця документація супроводжує версію 2.2.0 пакета exonerate.

Використовуйте exonerate-server онлайн за допомогою служб onworks.net