fastacmd - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

fastacmd - отримати послідовності FASTA з бази даних BLAST

СИНТАКСИС

fastacmd [-] [-D N] [-I] [-L старт, зупинка] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d str] [-i str]
[-l N] [-o ім'я файлу] [-p тип] [-s str] [-t]

ОПИС

fastacmd отримує послідовності у форматі FASTA з a вибух(1) база даних, відформатована за допомогою
`-o' варіант. Приклад fastacmd дзвонити буде

fastacmd -d nr -s p38398

ВАРІАНТИ

Нижче наведено короткий опис варіантів.

- Роздрукувати повідомлення про використання

-D N Дамп всієї бази даних у якомусь форматі:
1 фаста
2 список ГІ
3 Список версій Accession

-I Друкувати лише інформацію бази даних (замінює всі інші параметри)

-L старт,СТОП
Діапазон послідовності для вилучення (0 на початку – це початок послідовності, 0 у зупинці – кінець
послідовності, за замовчуванням – ціла послідовність)

-P N Отримати послідовності за допомогою групи ідентифікації білка (PIG) N.

-S N Нитка на підпослідовності (лише нуклеотиди):
1 зверху (за умовчанням)
2 низ

-T Надрукувати таксономічну інформацію для запитаної послідовності (послідовностей)

-a Отримати повторювані приєднання

-c Використовуйте ^A (\001) як ненадлишковий роздільник визначень

-d вул База даних (за замовчуванням nr)

-i вул Вхідний файл із GIs/accesions/loci для пакетного пошуку

-l N Довжина рядка для послідовності (за замовчуванням = 80)

-o ім'я файлу
Вихідний файл (за замовчуванням = стандартний вихід)

-p тип
Тип файлу:
G здогадатися (за замовчуванням): шукайте білок, потім нуклеотид
Т білок
F нуклеотид

-s вул Рядки пошуку, розділені комами. GI, приєднання, локуси або рядки fullSeq-id можуть
бути використаним, наприклад, 555, AC147927, 'gnl|dbname|tag'

-t Рядок визначення повинен містити лише цільовий ГІ

EXIT СТАТУС

0 Завершено успішно.
1 Сталася помилка (крім наведених нижче).
2 Базу даних BLAST не знайдено.
3 Помилка пошуку (інформація про доступ, ГІ чи таксономію).
4 База даних таксономії не знайдена.

Використовуйте fastacmd онлайн за допомогою служб onworks.net