Це команда fdnamle, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fdnaml – оцінює філогенію нуклеотидів за максимальною правдоподібністю
СИНТАКСИС
fdnaml - послідовність seqsetall -intreefile дерево [-категорії ціле] -швидкість масив
-категорії властивості [- ваги властивості] - довжини boolean [-ttratio плавати]
[-частоти від переключитися] -базова частота масив [-гама список] -гамакоефіцієнт плавати
-ngammacat ціле -інвариантний коефіцієнт плавати -ninvarcat ціле -інварфрак плавати
-nhmmкатегорії ціле -хммрейт масив -хм імовірності масив -adjsite boolean
-лямбда плавати - переплутати ціле - насіння ціле - глобальна boolean [-аутгрно ціле]
[- грубий boolean] - вихідний файл вихідний файл [-форель переключитися] - вихідний файл вихідний файл
[-друк даних boolean] [- прогрес boolean] [- відбиток дерева boolean] [-гіпстат boolean]
fdnaml -допомога
ОПИС
fdnaml — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) «Філогенія:Молекулярна послідовність».
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqsetall
Файл, що містить одне або кілька вирівнювань послідовності
-intreefile дерево
-категорії ціле
Значення за замовчуванням: 1
-швидкість масив
-категорії властивості
- ваги властивості
Файл ваг
Додатковий розділ
- довжини boolean
Значення за замовчуванням: N
-ttratio плавати
Значення за замовчуванням: 2.0
-частоти від переключитися
Значення за замовчуванням: Y
-базова частота масив
Значення за замовчуванням: 0.25 0.25 0.25 0.25
-гама список
Значення за замовчуванням: постійна швидкість
-гамакоефіцієнт плавати
Значення за замовчуванням: 1
-ngammacat ціле
Значення за замовчуванням: 1
-інвариантний коефіцієнт плавати
Значення за замовчуванням: 1
-ninvarcat ціле
Значення за замовчуванням: 1
-інварфрак плавати
Значення за замовчуванням: 0.0
-nhmmкатегорії ціле
Значення за замовчуванням: 1
-хммрейт масив
Значення за замовчуванням: 1.0
-хм імовірності масив
Значення за замовчуванням: 1.0
-adjsite boolean
Значення за замовчуванням: N
-лямбда плавати
Значення за замовчуванням: 1.0
- переплутати ціле
- насіння ціле
Значення за замовчуванням: 1
- глобальна boolean
Значення за замовчуванням: N
-аутгрно ціле
- грубий boolean
Значення за замовчуванням: Y
Вихід розділ
- вихідний файл вихідний файл
-форель переключитися
Значення за замовчуванням: Y
- вихідний файл вихідний файл
-друк даних boolean
Значення за замовчуванням: N
- прогрес boolean
Значення за замовчуванням: Y
- відбиток дерева boolean
Значення за замовчуванням: Y
-гіпстат boolean
Значення за замовчуванням: N
Використовуйте fdnamle онлайн за допомогою сервісів onworks.net
