freecontact - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

freecontact - швидкий провісник контакту з білком

СИНТАКСИС

вільний контакт [ВАРІАНТ]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | вільний контакт
--parprof evfold > contacts.out

безкоштовний контакт --ali=ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --густина=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUM --icme-timeout=NUM --input-format=[плоский|xml]
--mincontsep=NUM --output-format=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM --threads=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

ОПИС

FreeContact — це прогнозатор контакту залишків білка, оптимізований для швидкості. FreeContact може
функціонують як прискорений вихід для опублікованих контактних предикторів EVfold-mfDCA of
ДС. Marks et al. (2011) [1] та PSICOV D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact прискорюється за допомогою комбінації векторних інструкцій, кількох потоків і
швидша реалізація ключових частин. Залежно від вирівнювання, 8-кратне або вище прискорення
можливі.

Для значущих результатів потрібне досить велике вирівнювання. Як мінімум, an
вирівнювання з ефективною (після зважування) кількістю послідовностей, що перевищує довжину
слід використовувати послідовність запитів. Вирівнювання з десятками тисяч (ефективних) послідовностей
вважаються хорошими введеннями.

Jackhmmer(1) або hhblits(1) можна використовувати, наприклад, для створення вирівнювань.

[1] PLoS One. 2011 рік;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 груд.
Тривимірна структура білка, розрахована на основі варіації еволюційної послідовності. Marks DS, Colwell LJ,
Шерідан Р., Хопф Т.А., Паньяні А., Зеккіна Р., Сандер К.

[2] Біоінформатика. 2012 15 січня;28(2): 184-90. Epub 2011 17 лист. ПСИКОВ: точний
прогнозування структурного контакту з використанням розрідженої оберненої коваріаційної оцінки для великого множника
вирівнювання послідовності. Джонс Д.Т., Бьюкан Д.В., Коццетто Д., Понтіл М.

вхід
Підтримуються такі формати:

плоский
Використовується такий простий формат вхідного файлу:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
Послідовність запитів WITHNOGAPSORSERTECE
-ВИРІВНЕНО---ПЛІДОВНІСТЬ--З-ПРІЗНИКАМИ-----
ІНША-ВИРІВНЕНА------------ Послідовність

Рядки заголовка "#" є необов'язковими. Лінії заголовка використовуються для розрахунку контактного залишку
чисел і для пошуку відповідних залишків запиту для певних вихідних форматів.

Якщо запит не визначено, в якості запиту використовується перша послідовність у вирівнюванні
послідовність. Послідовність запиту не повинна містити пропусків у вирівнюванні.

Усі рядки вирівнювання мають бути однакової довжини і можуть містити лише
[А Б В Г Г Д Е Є Ж З И І Ї Й К Л М Н О П Р С Т У Ф Х Ц Ч Ш Щ ЬЮ Я-]. [B] зіставлено з [D], [Z] зіставлено з [E], [JOUX] є
зіставлено на [X]. [X] відповідає лише самому собі для всієї програми.

Вирівнювання введення A2M можна конвертувати у наведений вище формат за допомогою
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln можна використовувати для безпосереднього вирівнювання трубопроводів
у вільний контакт.

XML XML-документ з однимhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
елемент, визначений у схемі FreeContact [4], отриманій від BioXSD [5].

приклад: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Вихід
Оригінальний вихідний формат EVfold-mfDCA або PSICOV використовується за замовчуванням, коли відповідний
вибрано профіль параметра.

evfold (EVfold-mfDCA)
5 К 6 Л 0.332129 3.59798
| | | | | + контактний бал виправленої норми (CN).
| | | | + оцінка взаємної інформації (MI).
| | | + контактний код амінокислотного залишку
| | + контактний номер залишку
| + контактний код амінокислотного залишку
+ контактний номер залишку

Контакти сортуються за залишковим номером.

pfrmat_rr (PSICOV)
Формат прогнозування поділу залишків і залишків CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + контактний рахунок
| | ±+ діапазон [Å] відстані Cb-Cb, передбачений для пари залишків
| | (С-альфа для гліцинів)
| | Ці два поля є інваріантними у виводі.
| + контактний номер залишку
+ контактний номер залишку

Контакти відсортовані за рахунком, за спаданням.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
XML-документ з однимhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
елемент, визначений у схемі FreeContact [4], отриманій від BioXSD [5].

приклад: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Примітка: оскільки BioXSD активно розробляється у співпраці з FreeContact, то
Схема FreeContact насправді може бути отримана з версії, яка ще не доступна в [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

У виводі можуть бути не всі можливі контакти.

Посилання

Подано. FreeContact: швидке та безкоштовне пряме прогнозування контакту залишку-залишки.
Каян Л., Сустік М.А., Маркс Д.С., Хопф Т.А., Калаш М., Рост Б.

ВАРІАНТИ

-a [ --threads ] арг
Потоки для використання [0-). 0 означає стільки ж ядер.

--apply-gapth арг
Якщо значення true, виключіть стовпці та рядки залишків із зваженою частотою розривів > --проміжок
з коваріаційної матриці [Boolean].

-c [ --clustpc ] аргумент
Відсоток кластеризації BLOSUM [0-100].

--cov20 аргумент
Якщо вірно, залиште одну амінокислоту поза коваріаційною матрицею, щоб вона не була наддетермінована
[Логічний].

-d [ --density ] арг
Щільність матриці цільової точності [0-1]. Набір 0 не контролювати щільність.

--відлагоджувати
Увімкніть налагодження.

--estimate-ivcov арг
Використовуйте оцінку зворотної коваріаційної матриці замість інверсії матриці [Boolean].

-f [ --ali ] аргумент (=-)
Файл вирівнювання [шлях]. Якщо "-", стандартний введення. За замовчуванням: '-'.

-g [ --gapth ] арг
Зважений поріг частоти розриву (0-1).

-h [ --довідка]
Створіть це повідомлення довідки.

-i [ --input-format] arg (=плоский)
Формат введення [flat|xml].

--icme-timeout arg (=1800)
Тайм-аут оцінки зворотної коваріаційної матриці в секундах [0-). Застосовується до кожної інверсії
зателефонувати самостійно. Якщо настає тайм-аут, програма завершує роботу зі статусом 2.

--mincontsep арг
Мінімальне розділення пар залишків, що контактують з послідовностями, наведене в амінокислотах як
(ji>=arg). 1 для сусідніх залишків. [1-).

-o [ --output-format ] аргумент
Формат виведення [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=за замовчуванням)
Профіль параметра (необов'язково) [за замовчуванням|evfold|psicov]. Профіль за замовчуванням evfold.

Аргументи командного рядка можна використовувати для заміни значень профілю.

evfold
Активує режим сумісності EVfold-mfDCA [1].

psicov
Активує режим сумісності PSICOV [2].

psicov-sd
Активує розумний режим за замовчуванням PSICOV [2]: фіксований rho за замовчуванням, без контролю щільності.

-w [ --pscount-weight ] арг
Псевдолічильна вага [0-1].

-p [ --pseudocnt ] арг
Псевдолічильник [0-).

--бадьорість
Надрукувати ефективні параметри за стандартною помилкою. Використовуйте цю опцію, щоб побачити, які параметри
вільний контакт(1) детально запускається. Це особливо корисно, коли --проф
Опція використовується в поєднанні з іншими варіантами.

--rho арг
Початкове значення параметра регуляризації Глассо [0-). Якщо негативний, виберіть значення
автоматично.

--тихий аргумент (=0)
Друкуйте нічого, крім повідомлень про помилку за стандартною помилкою. Не впливає --відлагоджувати.

--veczw арг
Використовуйте векторизоване зважування послідовності, якщо доступно [Boolean].

-- версія
Версія для друку.

EXIT СТАТУС

0 Без помилки - успіх.

1 Невизначена помилка.

2 Тайм-аут (див --icme-тайм-аут).

ПРИКЛАДИ

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

ПРИМІТКИ

Для оптимальної продуктивності використовуйте програмне забезпечення з автоматичною настройкою лінійної алгебри (ATLAS)
бібліотека скомпільований on машина де працює freecontact.

Використовуйте безкоштовний контакт онлайн за допомогою служб onworks.net