Це команда gene2xml, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gene2xml - конвертувати NCBI Entrez Gene ASN.1 в XML
СИНТАКСИС
ген2xml [-] [-b] [-c] [-i ім'я файлу] [-l] [-o ім'я файлу] [-p шлях] [-r шлях] [-t N] [-x]
[-y] [-z]
ОПИС
ген2xml є окремою програмою, яка перетворює Entrez Gene ASN.1 в XML. Entrez Gene
дані зберігаються у вигляді стиснутих двійкових файлів Entrezgene-Set ASN.1 на ftp-сайті NCBI, і
мають суфікс .ags.gz. Вони в кілька разів менші за стислі файли XML,
що призводить до значної економії дискового сховища та пропускної здатності мережі. Нормальний
Обробка за допомогою gene2xml створює текстові файли XML з тим же ім'ям, але з .xgs в якості
суфікс.
ВАРІАНТИ
Нижче наведено короткий опис варіантів.
- Роздрукувати повідомлення про використання
-b Файл двійковий
-c Файл стиснений
-i ім'я файлу
Один вхідний файл (стандартний вхід за замовчуванням), коли не використовується -p
-l Обробка журналу (список файлів, оброблених під час використання -p)
-o ім'я файлу
Один вихідний файл (стандартний вихід за замовчуванням), коли не використовується -p
-p шлях
Шлях до файлів (якщо обробляється весь каталог)
-r шлях
Шлях до результатів під час використання -p; за замовчуванням це вхідний каталог
-t N Обмеження до заданого ідентифікатора таксона (пер http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/)
-x Витягти .ags у текст .agc (формат, розповсюджений раніше)
-y Поєднайте .agc з текстом .ags (для тестування)
-z Поєднайте .agc з двійковим .ags, а потім gzip
Використовуйте gene2xml онлайн за допомогою служб onworks.net
