Це команда genome-music-bmr-calc-wig-covgp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
genome music bmr calc-wig-covg - Підрахувати охоплені бази на ген для кожного заданого треку wiggle
форматувати файл.
Версія
Цей документ описує музику геному bmr calc-wig-covg версії 0.04 (2016-01-01 на
23:10:18)
СИНТАКСИС
музика генома bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?
Загальне використання:
... музика bmr calc-wig-covg \
--wig-list вхідний_каталог/wig_list \
--output-dir вихідний_каталог/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-файл вхідний_каталог/усі_кодування_exons.tsv
ВИМАГАЄТЬСЯ АРГУМЕНТИ
roi-файл текст
Розділений табуляторами список ROI [chr start stop gene_name] (див. опис)
посилання-послідовність текст
Шлях до еталонної послідовності у форматі FASTA
список перук текст
Список файлів WIG, розділених табуляціями [назва_зразка wig_file] (див. опис)
вихід-реж текст
Каталог, куди будуть записані вихідні файли та підкаталоги
ОПИС
Цей сценарій підраховує бази з достатнім покриттям у ROI кожного гена від заданого
переміщайте файли формату відстеження та розподіляйте їх на категорії: AT, CG (не CpG) і CpG.
Він також сумує ці базові показники для всіх ROI кожного гена для кожного зразка, але
покриті бази, які лежать в межах перекриваються ROI, не враховуються більше одного разу
ці загальні підрахунки.
АРГУМЕНТИ
--roi-файл
Ділянки, що представляють інтерес (ROI) кожного гена, як правило, є ділянками, на які спрямовані
секвенування або злиття екзонних локусів (з кількох транскриптів) генів з 2-bp
фланги (з’єднання з’єднань). Для підрахунку основ для кожного гена перекривається база
підраховують кожен раз, коли він з’являється в ROI того самого гена. Щоб цього уникнути, обов’язково
об'єднати разом перекриваються ROI одного гена. MergeBed BEDtools може допомогти, якщо використовується
на ген.
--посилання-послідовність
Еталонна послідовність у форматі FASTA. Якщо індекс опорної послідовності не знайдено
поруч із цим файлом (файлом .fai) він буде створений.
--список перук
Надайте файл із назвами зразків і розташуванням файлів у форматі wiggle track
кожен. Використовуйте формат із роздільниками табуляції [назва_зразка wig_file] для кожного рядка. Додаткові колонки
подібні клінічні дані дозволені, але ігноруються. Ім'я зразка має бути таким же, як і
Назви зразків пухлин, які використовуються у файлі MAF (16-й стовпець із заголовком
Пухлина_зразок_штрих-код).
--вихідний каталог
Вкажіть вихідний каталог, де буде створено/записано наступне: roi_covgs:
Підкаталог, що містить базові підрахунки для кожного зразка для кожного зразка. gene_covgs:
Підкаталог, що містить кількість охоплених основ для кожного зразка. total_covgs:
Файл, що містить загальні покриття, що не перекриваються на вибірку.
Використовуйте genome-music-bmr-calc-wig-covgp онлайн за допомогою служб onworks.net
