genome-music-galaxyp - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

genome music galaxy - Послідовно запускайте повний набір інструментів MuSiC.

Версія

Цей документ описує геном музичної галактики версії 0.04 (2016-01-01 о 23:10:18)

СИНТАКСИС

геном музична галактика [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-файл=?
--reference-sequence=? --maf-файл=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file=?]

Цей інструмент приймає як параметри всю інформацію, необхідну для запуску окремих інструментів. An
приклад використання:

... грає музика \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-файл input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--генетичного типу даних

ВИМАГАЄТЬСЯ АРГУМЕНТИ

бац-список текст
Список файлів BAM із роздільниками вкладок [назва зразка normal_bam tumor_bam]

вихідний пакет текст
Місце, де Galaxy хоче, щоб пакет музичних виходів був збережений

roi-файл текст
Список ROI із роздільниками вкладок [chr start stop gene_name]

посилання-послідовність текст
Шлях до еталонної послідовності у форматі FASTA

maf-файл текст
Список мутацій з використанням специфікацій TCGA MAF v2.3

шлях-файл текст
Файл інформації про шлях із роздільниками табуляції

ДОДАТКОВО АРГУМЕНТИ

вихід-реж
Каталог, куди будуть записані вихідні файли та підкаталоги

Значення за замовчуванням '', якщо не вказано

числовий-клінічний-файл-даних текст
Таблиця зразків (y) проти числової категорії клінічних даних (x)

категорійний-клінічний-файл-даних текст
Таблиця зразків (y) проти категорійних клінічних даних категорії (x)

файл матриці мутації текст
Додатково зберігайте матрицю зразка проти гена, яка використовується під час обчислень.

перестановки Номер
Кількість перестановок, що використовуються для визначення P-значень

нормальна-мін-глибина Ціле число
Мінімальна глибина зчитування, щоб вважати нормальну базу BAM покритою

пухлина-хв-глиб Ціле число
Мінімальна глибина зчитування, щоб вважати базу Tumor BAM покритою

min-mapq Ціле число
Мінімальна якість відображення зчитування, яку слід враховувати для підрахунку глибини читання

шоу пропущено Boolean
Повідомляйте про кожну пропущену мутацію, а не лише про кількість

Значення за замовчуванням 'false' (--noshow-skipped), якщо не вказано

noshow пропущено Boolean
Зробити пропущене шоу "false"

гени, які потрібно ігнорувати текст
Розділений комами список генів, які слід ігнорувати для частоти фонових мутацій

bmr Номер
Частота фонових мутацій у цільових регіонах

максимальна близькість текст
Максимальна відстань AA між 2 мутаціями

bmr-файл-модифікатор текст
Розділений вкладками список значень на ген, які змінюють BMR перед тестуванням [назва_гена
bmr_modifier]

метод чисельного тесту даних текст
Або "cor" для кореляції Пірсона, або "wilcox" для тесту суми рангу Вілкоксона для
чисельні клінічні дані.

Значення за замовчуванням 'cor', якщо не вказано

skip-low-mr-гени Boolean
Пропустіть тестування генів з MR нижчими, ніж фоновий MR

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

noskip-low-mr-гени Boolean
Зробити skip-low-mr-genes 'false'

max-fdr Номер
Максимально дозволений рівень помилкового виявлення гена, який вважається SMG

Значення за замовчуванням "0.2", якщо не вказано

генетичний тип даних текст
Дані у файлі матриці мають бути даними типу "ген" або "варіант".

wu-annotation-headers Boolean
Використовуйте це, щоб за замовчуванням використовувати заголовки формату анотацій wustl

nowu-annotation-headers Boolean
Зробити wu-annotation-headers 'false'

bmr-групи Ціле число
Кількість кластерів зразків із порівнянними BMR

Значення за замовчуванням "1", якщо не вказано

окремі-усічення Boolean
Групові усічені мутації як окрема категорія

Значення за замовчуванням 'false' (--noseparate-truncations), якщо не вказано

без роздільних скорочень Boolean
Зробити роздільні скорочення 'false'

merge-concurrent-muts Boolean
Множинні мутації гена в одному зразку розглядаються як 1

Значення за замовчуванням 'false' (--nomerge-concurrent-muts), якщо не вказано

nomerge-concurrent-muts Boolean
Зробити merge-concurrent-muts 'false'

пропускати без кодування Boolean
Пропустити некодуючі мутації з наданого файлу MAF

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

noskip-без кодування Boolean
Зробити skip-non-coding "false"

пропускати-беззвучно Boolean
Пропустити тихі мутації з наданого файлу MAF

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

noskip-мовчазний Boolean
Зробити skip-silent 'false'

min-mut-genes-per-path Ціле число
Шляхи з меншою кількістю мутованих генів, ніж це, будуть ігноровані

Значення за замовчуванням "1", якщо не вказано

glm-модель-файл текст
Файл із зазначенням типу моделі, змінної відповіді, коваріантів тощо для GLM
аналіз. (Див. ОПИС).

процесори Ціле число
Кількість процесорів для використання в SMG (потрібні пакети 'foreach' і 'doMC' R)

Значення за замовчуванням "1", якщо не вказано

аа-діапазон Ціле число
Встановіть, наскільки близьким є збіг під час пошуку амінокислот поблизу хітів

Значення за замовчуванням "2", якщо не вказано

ядерний діапазон Ціле число
Встановіть, наскільки близьким є збіг під час пошуку нуклеотидної позиції поблизу попадань

Значення за замовчуванням "5", якщо не вказано

посилання-побудувати текст
Введіть "Build36" або "Build37"

Значення за замовчуванням "Build37", якщо не вказано

шоу-відомі-хіти Boolean
Якщо знахідка нова, покажіть відомий АА в цьому гені

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

noshow-known-hits Boolean
Зробити show-known-hits "false"

glm-clinical-data-file текст
Клінічні ознаки, мутаційні профілі, інші змішані клінічні дані (Див. ОПИС).

use-maf-in-glm Boolean
Встановіть цей прапор, щоб використовувати матрицю варіантів, створену з файлу MAF, як варіант введення
GLM аналіз.

Значення за замовчуванням 'false' (--nouse-maf-in-glm), якщо не вказано

nouse-maf-in-glm Boolean
Зробити use-maf-in-glm 'false'

омімаа-реж Шлях
папка бази даних мутації амінокислот omim

косм.-реж Шлях
папка бази даних космічних амінокислотних мутацій

докладний Boolean
увімкніть для відображення більшої робочої продуктивності

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

неперевершений Boolean
Зробити багатослівне 'false'

клінічний-кореляційний-матричний файл текст
Додатково зберігайте матрицю зразка проти гена, яка використовується всередині під час обчислень.

ОПИС

Цю команду можна використовувати для запуску всіх інструментів аналізу MuSiC на наборі даних. Будь ласка
див. окремі інструменти для подальшого опису параметрів.

AUTHORS

Томас Б. Муні, MS

КРЕДИТИ

Будь ласка, перегляньте кредити для геном-музика(1).

Використовуйте genome-music-galaxyp онлайн за допомогою служб onworks.net