genome-music-survivalp - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

genome music survival - Створення графіків виживання та P-значень для клінічних та мутаційних
фенотипи.

Версія

У цьому документі описано виживання генома музики версії 0.04 (2016-01-01 о 23:10:18)

СИНТАКСИС

виживання музики геному --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... музичне виживання \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-файл /шлях/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /шлях/каталог_виведення

... музичне виживання \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-файл /шлях/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /шлях/каталог_виведення

... музичне виживання \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-файл /шлях/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'ген' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Раса, Стать, TP53' \
--output-dir /шлях/каталог_виведення

ВИМАГАЄТЬСЯ АРГУМЕНТИ

бац-список текст
Список назв зразків, які будуть включені в аналіз. (Див. опис)

вихід-реж текст
Каталог, куди будуть записані вихідні файли

ДОДАТКОВО АРГУМЕНТИ

maf-файл текст
Список мутацій у форматі MAF

пропускати-беззвучно Boolean
Пропустити тихі мутації з наданого файлу MAF

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

noskip-мовчазний Boolean
Зробити skip-silent 'false'

генетичний тип даних текст
Співвіднести клінічні дані з даними рівня «ген» або «варіант».

Значення за замовчуванням «ген», якщо не вказано

числовий-клінічний-файл-даних текст
Таблиця зразків (y) проти числової категорії клінічних даних (x)

категорійний-клінічний-файл-даних текст
Таблиця зразків (y) проти категорійних клінічних даних категорії (x)

glm-clinical-data-file текст
Клінічні ознаки, мутаційні профілі, інші змішані клінічні дані (Див. ОПИС).

фенотипи для включення текст
Включіть лише ці гени та/або фенотипи в аналіз. (РІЗДІЛЕНО КОМИ)

легенда-розміщення текст
Виберіть один із 'bottomleft', 'topleft', 'upright' або 'bottomright'.

Значення за замовчуванням 'bottomleft', якщо не вказано

пропускати без кодування Boolean
Пропустити некодуючі мутації з наданого файлу MAF

Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано

noskip-без кодування Boolean
Зробити skip-non-coding "false"

ОПИС

Ця команда виконує аналіз виживання та побудовує криві виживання для мутаційних даних, як
а також будь-які клінічні ознаки, що цікавлять, як зазначено через --phenotypes-to-include
параметр. Проведені аналізи включають оцінку Каплана-Мейєра з наступною оцінкою Кокса
Модель пропорційних ризиків. Результати для кожного аналізованого гена/клінічної ознаки включають виживання
криві, коефіцієнт небезпеки (з довірчими інтервалами), а також P-значення та FDR, що описують
значення різниці між тими, хто вижив і не вижив.

У всіх файлах клінічних даних здійснюється пошук необхідного (нечутливого до регістру) "vital_status"
і стовпці "days_to_last_followup", які поєднуються з фенотипами за допомогою ідентифікаторів зразків для
аналіз виживання. Перший стовпець усіх файлів клінічних даних ПОВИНЕН містити зразок
Ідентифікатори, як і в інших інструментах MuSiC. За замовчуванням аналіз проводиться на кожному наявному гені
в МАФ. За бажанням, аналіз може бути обмежений лише конкретними генами шляхом їх переліку
(розділені комами) після вхідного параметра --phenotypes-to-include. Аналіз виживання може
також виконувати на інших стовпцях у файлі клінічних даних шляхом додавання заголовків стовпців
до списку записів, зазначених після вхідного параметра --phenotypes-to-include.

Ось деякі загальні рекомендації щодо створення вхідних файлів клінічних даних:

· Заголовки обов'язкові.

· Перший стовпець кожного файлу клінічних даних має містити ідентифікатори зразків, які відповідають цим
як у списку --bam-list, так і у списку варіантів MAF (у MAF це
Конкретно стовпець Tumor_Sample_Barcode).

· Принаймні в одному з вхідних файлів клінічних даних стовпці із заголовками "vital_status"
і "days_to_last_followup" (не чутливий до регістру) повинні існувати. "vital_status" має бути
окреслений 1 і 0, де 0 означає «живий», а 1 — «померлий».

Зауважте, що всі вхідні файли мають бути розділені табуляторами.

АРГУМЕНТИ

--бам-список
Надайте файл, що містить назви зразків та розташування нормальних/пухлинних BAM для кожного. Використовуйте
формат із роздільниками табуляції [назва_зразка normal_bam tumor_bam] на рядок. Тільки цей інструмент
потребує імені_зразка, тому всі інші стовпці можна пропустити. Ім'я зразка має бути
такі ж, як імена зразків пухлин, які використовуються у файлі MAF (16-й стовпець із заголовком
Пухлина_зразок_штрих-код).

Використовуйте genome-music-survivalp онлайн за допомогою служб onworks.net