Це команда geom, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
geom - аналізує вхідні дані молекулярної геометрії в декартових координатах.
ОПИС
Програма геом зчитує набір декартових координат і визначає з них зв'язок
відстані (Бор і ангстрем), зв'язні кути, торсіонні кути, кути поза площиною
(необов'язково), моменти інерції та обертальні константи.
ФАЙЛИ ВИМАГАЄТЬСЯ
input.dat - вхідний файл
і одне з наступного:
geom.dat - файл геометрії
file11.dat - файл геометрії/градієнта у форматі PSI
ФАЙЛИ ЗГОНОВЕНО
geom.out - файл, що містить аналіз
ВХІД ВАРІАНТИ
Команда геом програма має такі параметри:
-h Роздрукуйте довідкову інформацію (ці параметри).
- тузи [ім'я файлу]
Прочитайте вхідні дані у вихідному форматі ACES, причому кожен рядок складається з атомарних
символ, атомний номер і декартові координати (у Бору). Необов'язковий аргумент
це ім’я вхідного файлу геометрії, яке за замовчуванням geom.dat.
-qchem [ім'я файлу]
Прочитайте вхідні дані у вихідному форматі QCHEM, причому кожен рядок складається з атома
число, атомний символ і декартові координати (в ангстремах). Необов’язковий
Аргумент — це ім'я вхідного файлу геометрії, яке за замовчуванням geom.dat.
-xyz [ім'я файлу]
Прочитайте вхідні дані у вихідному форматі XYZ. Перший рядок містить номер
атоми, а другий рядок є рядком коментарів. Кожен наступний рядок містить
атомний символ і декартові координати XY і Z (в ангстремах). Необов’язковий
Аргумент — це ім'я вхідного файлу геометрії, яке за замовчуванням geom.dat.
-оо Надрукуйте кути поза площиною, де кут abcd визначається як утворений кут
вектором ad і площиною, визначеною атомами b, c і d.
DO_OOP = boolean
Те саме, що перемикач командного рядка -oop, описаний вище.
ІЗОТОПИ = матриця of реальні числа/струни
Використовується для визначення мас, які будуть використані при обчисленні центру мас і
обертальні константи. Для кожного обчислюваного ізотопомера надається один масив.
Масиви можуть змішувати числа з плаваючою комою з рядками, які позначають ізотопи.
Якщо цей масив не вказано і файл11.dat присутній, то маси будуть
отримано шляхом перетворення атомних номерів у файлі11. Якщо маси не дають по
ІЗОТОПИ або файлом 11, тоді величини, пов’язані з масою, обчислюватимуться не будуть.
-g [ім'я файлу]
Прочитати декартові координати з файлу, відмінного від file11.dat. Якщо ім’я файлу не є
за умовчанням — geom.dat. Передбачається, що альтернативний файл має формат
подібний до geom.dat PSI. Оскільки такі файли не містять атомних номерів,
При цьому варіанті моменти інерції та обертальні константи не розраховуються
використовується.
READ_GEOM = boolean
Ця опція в input.dat розповідає геом щоб прочитати геометрію з geom.dat у PSI
формат geom.dat.
-a Надрукувати параметри для всіх парних відстаней.
PRINT_ALL_DIST = boolean
Те саме, що і прапор, описаний вище.
-d відстань
Друкуйте лише параметри, які включають пари атомів, менші ніж відстань бор
один від одного (значення за замовчуванням 4.0 бор).
PRINT_DISTANCE = значення
Те саме, що і прапор -d, описаний вище.
- ангстрем
Вхідні координати вказані в ангстремах, а не в Борі.
АНГСТРОМ = boolean
If ІСТИНА, вхідні координати вказані в ангстремах замість бора. За замовчуванням є
ПОМИЛКОВИЙ.
Наступний приклад для розрахунку геометричної інформації для води з
кілька різних ізотопів. Геометрія читається з geom.dat, а не з
файл11.dat.
геом: (
read_geom = правда
ізотопи = (
(OHH)
(ODD)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 червня 1998 геом(1)
Використовуйте geom онлайн за допомогою служб onworks.net
