gff2aplot - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gff2aplot - Перетворення файлів GFF для попарного вирівнювання в PostScript.

СИНТАКСИС

gff2aplot [параметри]

ОПИС

На цій сторінці посібника коротко описано gff2aplot команда

gff2aplot це програма, яка для цього малює кольорові діаграми вирівнювання з файлів GFF
вирівнювання та анотації двох послідовностей.

ВАРІАНТИ

Подвійне тире на самому собі "--" означає закінчення параметрів і початок імен файлів (якщо
присутній). Ви можете використовувати один тире "-" як заповнювач STDIN. Доступні варіанти та а
короткий опис наведено тут:

-h, --допомога
Показати підсумок варіантів.

-- версія
Показує поточну версію та виходи.

-v, -багатослівний
Детальний режим, повний звіт надсилається до стандартної помилки (за замовчуванням встановлено значення «Показ».
тільки ПОПЕРЕДЖЕННЯ).

-V, --logs-ім'я-файлу
Звіт записується у файл журналу.

-q, --спокійно
Тихий режим, не показувати жодного повідомлення/попередження щодо стандартної помилки (лише звітування
ПОМИЛКИ).

-p, --розмір сторінки
Налаштування розміру сторінки серед попередньо визначених див. нижче для списку доступних сторінок
формати).

--margin-left

--margin-right

--margin-top

--margin-bottom
Встановлення поля для кожної сторінки . Якщо одиниці вимірювання не вказано, приймаються бали,
Ви можете використовувати точки, міліметри, сантиметри або дюйми (пт, мм, см або дюйми,
відповідно).

-Б, --Колір фону
Колір фону.

-F, --колір переднього плану
Колір переднього плану.

-Т, -- назва
Визначення назви сюжету.

-t, --підзаголовок
Визначення підзаголовка сюжету.

-X, --х-мітка
Визначення мітки осі X.

-Y, --y-мітка
Визначення мітки осі Y.

-Л, --процент-коробка-етикетка
Визначення мітки відсоткового поля.

-л, --додаткова-коробка-етикетка
Визначення мітки Extra-Box.

-x, --x-координи-послідовності

-S, --start-x-sequence
Встановлює перший нуклеотид Х-послідовності.

-Е, --кінець-х-послідовність
Встановлює останній нуклеотид Х-послідовності.

-у, ---координати послідовності у

-так, --початкова-у-послідовність
Встановлює перший нуклеотид Y-послідовності.

-е, --кінцева-у-послідовність
Встановлює останній нуклеотид Y-послідовності.

--x-sequence-zoom

--y-sequence-zoom

-Z, --масштабування [ [-С ] [-Е ] [-с ] [-е ] ]
Ця опція масштабує область, яку ви вибрали за допомогою -S,-E,-s,-e (всі 4 є необов'язковими).

-z, --область масштабування [ [-С ] [-Е ] [-с ] [-е ] ]
Цей параметр позначає область масштабування на вашій ділянці, але не робить масштабування.

-A, --alignment-name
Визначення вирівнювання, яке буде нанесено на графік, якщо у вас є більше одного вирівнювання
у вашому введеному GFF.

-N, --x-назва-послідовності
Визначення послідовності, яка буде нанесена на осі X.

-n, --y-назва-послідовності
Визначення послідовності, яка буде нанесена на вісь Y.

-р, --aplot-xy-noteq
За замовчуванням осі X і Y мають однакову довжину, ця опція вимикає таку поведінку, тому X
і послідовність Y матиме осі-довжини, пропорційні їх довжині нуклеотидів.

-Р, --xy-axes-scale <X/Y співвідношення>
Ця опція дозволяє встановити інший масштаб між довжинами осей X і Y (за
за замовчуванням — «1»). Значення нижче 1 роблять Y більшим за X, а більше 1 призводить до
стає X більше, ніж Y. # Потрібно пояснити краще.

-W, --ширина в масштабі
Оцінка масштабування за шириною для ліній Aplot.

-w, --альн-колір
Оцінка масштабування за кольором для ліній Aplot.

-К, --шоу-стрічки
Примусьте стрічки для всіх об’єктів на осях бути: (N)один, (L)ines, (R)ibbons, (B)oth.

-G, --показова сітка
Вмикає сітку (за замовчуванням — «вимкнено»).

-g, --прихована сітка
Вимикає сітку (якщо ввімкнено з файлів налаштування).

-я, --show-procent-box
Вмикає поле відсотка (за замовчуванням — «вимкнено»).

-я, --hide-percent-box
Вимикає поле «Відсотки» (якщо для користувацьких файлів встановлено значення «увімкнено»).

-О, --show-extra-box
Вмикає додаткове поле (за замовчуванням — «вимкнено»).

-о, --hide-extra-box
Вимикає додаткове поле «вимкнено» (якщо для користувацьких файлів встановлено значення «увімкнено»).

-Д, --aplot-box-color
Колір тла головного поля Aplot.

-d, --відсотковий колір коробки
Відсотковий колір фону коробки.

-б, --extra-box-color
Додатковий колір фону коробки.

--не попередження
Вимкніть попередження, які можуть з’являтися на останньому малюнку PostScript, коли послідовність X,
Вхідні дані послідовності Y та/або вирівнювання відсутні.

-а, --hide-кредити
Вимкніть лінію кредитів gff2aplot на сюжеті.

--відлагоджувати
Повідомлення вмісту змінної під час тестування програми. Потрібен файл звіту журналу
також була активована опція.

--layout-var ' '

--sequence-var ' '

--source-var ' '

--strand-вар ' '

--group-var ' '

--feature-var ' '
Завантаження змінної налаштування функції/групи/ланцюга/джерела/послідовності/макету з
командний рядок. Ви можете встановити кілька змінних, повторивши будь-який з цих параметрів,
тобто:
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...

-C, --користувацьке ім'я файлу
Завантаження параметрів налаштування з заданого файлу (якщо за замовчуванням ".gff2aplotrc"
існує завантажується перед ним).

Це кольори, визначені в gff2aplot:
+ Кольори за замовчуванням: чорний білий.
+ Колірна палітра:
сірий рожевий пурпурний фіолетовий блакитний небесно-блакитний блакитний морський зелений
зелений лимонно-зелений жовтий помаранчевий червоно-коричневий
Ви можете отримати до дев’яти колірних відтінків від Variable Colors із «дуже глибоким»,
префікси «глибокий», «дуже темний», «темний», «світлий», «дуже світлий», «блідий» та «дуже блідий»,
як приклад:
дуже глибокий синій, глибокий синій, дуже темно-синій, темно-синій, синій, світло-блакитний, дуже світло-блакитний,
блідо-блакитний і дуже блідо-блакитний.
+ Динамічні кольори: градієнтна веселка.

Доступні наступні розміри сторінок: від A0 до A10, від B0 до B10, 10x14,
executive, folio, logging, legal, letter, quarto, statement та tabloid.

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ ЗМІННІ

Є дві змінні середовища, які користувачі можуть налаштувати відповідно до своїх уподобань:
+ Ви можете вказати шлях, де gff2aplot може знайти файли за замовчуванням з оболонкою
змінна "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". Значенням за замовчуванням є шлях, по якому ви працюєте
gff2aplot.
+ Ви також можете визначити користувацьку назву файлу за замовчуванням за допомогою змінної
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", ім'я файлу програми за замовчуванням для спеціального файлу - ".gff2aplotrc".
+ Тепер gff2aplot не потрібно писати будь-який тимчасовий файл, так що попередні версії
За замовчуванням тимчасова змінна шляху до каталогу ("GFF2APLOT_TMP") більше не використовується.
+ Встановлення цих змінних у Bourne-shell і C-shell:
o Використання Bourne-Shell (наприклад, bash):
експорт GFF2APLOT_CUSTOMPATH="шлях" експорт GFF2APLOT_CUSTOMFILE="ім'я_файлу"
o Використання C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "шлях" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "ім'я_файлу"

Використовуйте gff2aplot онлайн за допомогою служб onworks.net