Це команда glam2, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
glam2 - Розрив локального вирівнювання мотивів
СИНТАКСИС
glam2 [опції] alphabet my_seqs.fa
Інший алфавіт, ніж p or n інтерпретується як ім’я файлу алфавіту.
ОПИС
GLAM2 — це програмний пакет для пошуку мотивів у послідовностях, як правило, амінокислотних або
нуклеотидні послідовності. Мотив – це повторюваний шаблон послідовності: типовими прикладами є
Коробка TATA та мотив преніляції CAAX. Головне нововведення GLAM2 полягає в тому, що він дозволяє
вставки та вилучення в мотивах.
ВАРІАНТИ (ЗА УМОВЧАННЯМ НАЛАШТУВАННЯ)
-h
Показати всі параметри та їх налаштування за замовчуванням.
-o
Вихідний файл (stdout).
-r
Кількість прогонів вирівнювання (10).
-n
Завершуйте кожен запуск після такої кількості ітерацій без покращення (10000).
-2
Огляньте обидві пасма - пряме і зворотне доповнення.
-z
Мінімальна кількість послідовностей у вирівнюванні (2).
-a
Мінімальна кількість вирівняних стовпців (2).
-b
Максимальна кількість вирівняних стовпців (50).
-w
Початкова кількість вирівняних стовпців (20).
-d
Файл суміші Діріхле.
-D
Псевдолічильник видалення (0.1).
-E
Псевдолічильник без видалення (2.0).
-I
Псевдолічильник вставки (0.02).
-J
Псевдорахунок без вставки (1.0).
-q
Вага для загальної та специфічної для набору послідовностей кількості залишків (1e + 99).
-t
Початкова температура (1.2).
-c
Коефіцієнт охолодження на n ітерацій (1.44).
-u
Нижня межа температури (0.1).
-p
Друкуйте інформацію про хід на кожній ітерації.
-m
Переміщення вибірки стовпців за переміщення вибірки сайту (1.0).
-x
Алгоритм вибірки сайту: 0= ШВИДКО 1=ПОВІЛЬНО 2=ШПФ (0).
-s
Початок для псевдовипадкових чисел (1).
Використовуйте glam2 онлайн за допомогою служб onworks.net
