Це команда glam2scan, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
glam2scan - знаходить мотив GLAM2 в базі даних
СИНТАКСИС
glam2scan [опції] alphabet мій_мотив.glam2 my_seqs.fa
Інший алфавіт, ніж p or n інтерпретується як ім’я файлу алфавіту.
ОПИС
glam2scan знаходить збіги в базі даних послідовності з мотивом, виявленим glam2. Кожен
матч отримує оцінку, яка вказує, наскільки добре вона відповідає мотиву.
ВАРІАНТИ (ЗА УМОВЧАННЯМ НАЛАШТУВАННЯ)
-h
Показати всі параметри та їх налаштування за замовчуванням.
-o
Вихідний файл (stdout).
-n
Кількість вирівнювань для звіту (25).
-2
Огляньте обидві пасма - пряме і зворотне доповнення.
-D
Псевдолічильник видалення (0.1).
-E
Псевдолічильник без видалення (2.0).
-I
Псевдолічильник вставки (0.02).
-J
Псевдорахунок без вставки (1.0).
-d
Файл суміші Діріхле.
Використовуйте glam2scan онлайн за допомогою служб onworks.net