Це команда gmod_extract_dbxref_from_gff.plp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmod_extract_dbxref_from_gff.pl - витягує Dbxrefs з рядків GFF3, які мають Target
Атрибути
СИНТАКСИС
% gmod_extract_dbxref_from_gff.pl gff_file_name > output_file
ОПИС
Для рядків GFF3 вигляду:
chr1 CDNA cDNA_match 69388 69593 0 - . Dbxref=Sorghum_CDNA:Contig_448; Target=Contig_448 75 295 +
тобто, які мають як атрибути Target, так і атрибути Dbxref, цей сценарій витягує Dbxref
значення і виводить список бази даних і частин приєднання значення Dbxref. Це
Функціональність залежить від стандартного формату значення Dbxref, де вказано ім’я
база даних передує приєднанню і розділяється двокрапкою.
обгрунтування
Інший сценарій, gmod_make_gff_from_dbxref.pl, бере список баз даних і доступів
(як надає цей сценарій) і каталог файлів FASTA і створює файл GFF3, який
відповідає цим цілям. Використання цих файлів полягає в тому, щоб попередньо завантажити їх у Chado
що результати обчислювального аналізу завантажуються, щоб забезпечити повну базу даних
зображення проведеного аналізу.
КОМАНДНИЙ РЯДОК ВАРІАНТИ
Ні.
Використовуйте gmod_extract_dbxref_from_gff.plp онлайн за допомогою служб onworks.net
