Це команда gmod_gff3_preprocessor.plp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
$0 - готує файл GFF3 для масового завантаження в базу даних chado.
СИНТАКСИС
% gmod_gff_preprocessor [параметри] --gfffile
КОМАНДНИЙ РЯДОК ВАРІАНТИ
--gfffile Файл, що містить GFF3 (необов'язково, можна читати
зі стандартного входу)
--outfile Ім'я ядра, яке буде використовуватися для іменування файлів результатів
--splitfile Розділіть файли на більш керовані частини, забезпечуючи
аргумент для контролю розщеплення
--onlysplit Розділити файли, а потім вийти (тобто не сортувати)
--nosplit Не розділяти файли (тобто лише сортувати)
--hasrefseq Встановити, якщо файл містить рядок послідовності посилань
(Потрібно, лише якщо файли не розділяються)
--dbprofile Вкажіть ім'я профілю gmod.conf (інакше використовуйте за замовчуванням)
--inheritance_tiers Скільки рівнів успадкування ви очікуєте у файлі
мати (за замовчуванням: 3)
ОПИС
splitfile -- Просто установивши цей прапор на 1, файл буде розділений за посиланням
послідовність. Якщо ви надасте необов’язковий аргумент, він буде додатково розділений відповідно до
ці правила:
source=1 Розділяє файли відповідно до значення в стовпці джерела
source=a,b,c Поміщає рядки з джерелами, які збігаються (через регулярний вираз)
"a", "b" або "c" в окремому файлі
type=a,b,c Поміщає рядки з типами, які відповідають 'a', 'b' або 'c' в
окремий файл
Наприклад, якщо ви хочете, щоб усі результати аналізу були розміщені в окремому файлі, ви
може вказувати '--splitfile type=match', і всі cDNA_match, EST_match і
Функції cross_genome_match будуть розміщені в окремих файлах (окремих за послідовністю посилань).
inheritence_tiers -- Кількість рівнів успадкування цього файлу. Наприклад, якщо
у файлі є гени "центральної догми" (ген/мРНК/екзон, поліпептид), потім у ньому 3. Вгору
до 4 підтримується, але чим більше число, тим повільніше воно працює. Якщо ви цього не зробите
Знайте, 3 — це розумне припущення.
ФАСТА послідовність
Якщо файл GFF3 містить послідовність FASTA в кінці, послідовність буде розміщена в a
окремий файл із розширенням '.fasta'. Після цього цей файл швидкого доступу можна завантажити окремо
розділені та/або відсортовані файли GFF3 завантажуються за допомогою команди:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Використовуйте gmod_gff3_preprocessor.plp онлайн за допомогою служб onworks.net
