Це команда gmx-confrms, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-confrms - Підходить для двох структур і обчислює RMSD
СИНТАКСИС
gmx підтверджує [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-немає [<.ndx>]] [-[ні]ж] [-[ніхто] [-[ні]мв] [-[ні]pbc]
[- [ні] підходить] [-[без назви] [- [без] етикетки] [-[ні]bfac]
ОПИС
gmx підтверджує обчислює середньоквадратичне відхилення (RMSD) двох структур після
найменші квадрати, що підходять другу структуру до першої. Дві структури НІ
повинні мати однакову кількість атомів, лише дві індексні групи, які використовуються для підгонки
бути ідентичними. З -ім'я будуть використані лише відповідні імена атомів із вибраних груп
для розрахунку підгонки та RMSD. Це може бути корисно при порівнянні мутантів білка.
Накладені структури записуються у файл. В .pdb файлу будуть дві структури
записані як окремі моделі (використ розмол -nmrpdb). Також в а .pdb файл, B-коефіцієнти розраховані
з атомних значень MSD можна записати за допомогою -bfac.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp тпр
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp
-немає [<.ndx>] (match.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Інші варіанти:
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-[ніхто (немає)
Запишіть у файл лише встановлену структуру
-[ні]мв (так)
Масово-зважений фітинг і RMSD
-[ні]pbc (немає)
Спробуйте знову зробити молекули цілісними
- [ні] підходить (так)
Виконайте накладення найменших квадратів цільової структури на посилання
-[без назви (немає)
Порівнюйте лише відповідні назви атомів
- [без] етикетки (немає)
Додано мітки ланцюга A для першої та B для другої структури
-[ні]bfac (немає)
Вивести B-фактори з атомних значень MSD
Використовуйте gmx-confrms онлайн за допомогою служб onworks.net
