gmx_d - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx - набір для моделювання молекулярної динаміки

СИНТАКСИС

gmx [-[ні]ч] [-[ні]тихо] [-[без]версії] [-[ні]авторське право] [- гарно ]
[-[ні]резервної копії]

ОПИС

GROMACS — це повнофункціональний набір програм для виконання моделювання молекулярної динаміки,
тобто для моделювання поведінки систем із використанням від сотень до мільйонів частинок
Ньютонівські рівняння руху. В основному він використовується для дослідження білків, ліпідів і
полімерів, але можуть застосовуватися для широкого спектру хімічних та біологічних досліджень
питання.

ВАРІАНТИ

Інші варіанти:

-[ні]ч (немає)
Роздрукуйте довідку та вийдіть

-[ні]тихо (немає)
Не друкуйте загальну інформацію про запуск або цитати

-[без]версії (немає)
Роздрукуйте інформацію про розширену версію та вийдіть

-[ні]авторське право (так)
Роздрукуйте інформацію про авторські права під час запуску

- гарно (19)
Встановіть рівень nicelevel (за замовчуванням залежить від команди)

-[ні]резервної копії (так)
Запишіть резервні копії, якщо існують вихідні файли

GMX КОМАНДИ

Доступні наступні команди. Будь ласка, зверніться до їхніх індивідуальних сторінок керівництва або gmx
допомога для уточнення деталей.

Trajectory аналіз
gmx-gangle(1)
Обчисліть кути

gmx-відстань(1)
Обчисліть відстані між парами позицій

gmx-freevolume(1)
Обчисліть вільний об’єм

gmx-pairdist(1)
Обчисліть попарні відстані між групами позицій

gmx-rdf(1)
Обчисліть радіальні функції розподілу

gmx-sasa(1)
Обчисліть площу поверхні, доступну для розчинника

gmx-вибір(1)
Роздрукувати загальну інформацію про вибір

Генерація топології та координати
gmx-editconf(1)
Відредагуйте поле та напишіть підгрупи

gmx-x2top(1)
Згенеруйте примітивну топологію з координат

gmx-сольват(1)
Сольватувати систему

gmx-вставка-молекул(1)
Вставте молекули в наявні вакансії

gmx-genconf(1)
Помножте конформацію у «випадкових» орієнтаціях

gmx-genion(1)
Генерувати одноатомні іони на енергетично вигідних позиціях

gmx-genrestr(1)
Створення обмежень положення або відстані для груп індексів

gmx-pdb2gmx(1)
Перетворіть файли координат на топологію та файли координат, сумісні з FF

Робота a моделювання
gmx-grompp(1)
Зробіть вхідний файл запуску

gmx-mdrun(1)
Виконайте моделювання, виконайте аналіз у звичайному режимі або мінімізуйте енергію

gmx-convert-tpr(1)
Зробіть модифікований вхідний файл виконання

Перегляд траєкторії
gmx-nmtraj(1)
Створення віртуальної коливальної траєкторії з власного вектора

gmx-view(1)
Перегляньте траєкторію на терміналі X-Windows

Обробка енергій
gmx-клізма(1)
Витягніть енергетичну матрицю з енергетичного файлу

gmx-енергія(1)
Записує енергію у файли xvg та відображає середні значення

gmx-mdrun(1)
(Повторно) обчислити енергії для кадрів траєкторії з -rerun

Перетворення файли
gmx-editconf(1)
Перетворення та керування файлами структури

gmx-eneconv(1)
Конвертуйте енергетичні файли

gmx-sigeps(1)
Перетворіть комбінації c6/12 або c6/cn у та з сигма/епсилон

gmx-trjcat(1)
Об’єднати файли траєкторії

gmx-trjconv(1)
Перетворює файли траєкторій і маніпулює ними

gmx-xpm2ps(1)
Перетворіть матриці XPM (XPixelMap) у postscript або XPM

Tools
gmx-аналіз(1)
Аналізуйте набори даних

gmx-dyndom(1)
Інтерполяція та екстраполяція обертань структури

gmx-фільтр(1)
Траєкторії частотного фільтра, корисні для створення плавних фільмів

gmx-брехня(1)
Оцініть вільну енергію з лінійних комбінацій

gmx-морф(1)
Лінійно інтерполюйте між конформаціями

gmx-pme_error(1)
Оцініть помилку використання PME з заданим вхідним файлом

gmx-притвор(1)
Обчислюйте вільні енергії або інші гістограми з гістограм

gmx-просторовий(1)
Обчисліть функцію просторового розподілу

gmx-traj(1)
Графік x, v, f, коробка, температура та обертальна енергія від траєкторій

gmx-tune_pme(1)
Час mdrun як функція PME ранжирує для оптимізації налаштувань

gmx-wham(1)
Виконайте зважений аналіз гістограми після відбору парасолькової проби

gmx-перевірка(1)
Перевірте та порівняйте файли

gmx-дамп(1)
Зробіть двійкові файли доступними для читання людиною

gmx-make_ndx(1)
Зробіть індексні файли

gmx-mk_angndx(1)
Згенеруйте файли індексу для 'gmx angle'

gmx-trjord(1)
Упорядкуйте молекули відповідно до їх відстані до групи

gmx-xpm2ps(1)
Перетворіть матриці XPM (XPixelMap) у postscript або XPM

Відстані між структур
gmx-кластер(1)
Кластерні структури

gmx-підтверджує(1)
Підігнати дві структури та обчислити RMSD

gmx-rms(1)
Розрахувати RMSD з опорною структурою та матрицями RMSD

gmx-rmsf(1)
Обчисліть атомні флуктуації

Відстані in структур над час
gmx-mindist(1)
Обчисліть мінімальну відстань між двома групами

gmx-mdmat(1)
Розрахувати контактні карти залишків

gmx-полістат(1)
Розрахувати статичні властивості полімерів

gmx-rmsdist(1)
Обчисліть відстані між атомними парами, усереднені зі ступенем -2, -3 або -6

Маса розподіл властивості над час
gmx-гірат(1)
Обчисліть радіус обертання

gmx-msd(1)
Обчислює середні квадратичні переміщення

gmx-полістат(1)
Розрахувати статичні властивості полімерів

gmx-rdf(1)
Обчисліть радіальні функції розподілу

gmx-rotacf(1)
Обчисліть обертальну кореляційну функцію для молекул

gmx-rotmat(1)
Побудуйте графік обертання для пристосування до опорної структури

gmx-sans(1)
Розрахувати спектри розсіювання нейтронів під малими кутами

gmx-саксофони(1)
Розрахувати спектри розсіювання рентгенівських променів під малими кутами

gmx-traj(1)
Графік x, v, f, коробка, температура та обертальна енергія від траєкторій

gmx-vanhove(1)
Обчисліть функції зміщення Ван Хоува та кореляції

Аналізуючи зв’язаний Взаємодії
gmx-кут(1)
Обчисліть розподіли та кореляції для кутів і двогранників

gmx-mk_angndx(1)
Згенеруйте файли індексу для 'gmx angle'

Структурний властивості
gmx-anadock(1)
Кластерні структури з Autodock запускаються

gmx-пакет(1)
Проаналізуйте пучки осей, наприклад, спіралі

gmx-clustsize(1)
Розрахувати розподіл за розмірами атомних кластерів

gmx-disre(1)
Проаналізуйте обмеження відстані

gmx-hbond(1)
Обчисліть і проаналізуйте водневі зв’язки

gmx-замовлення(1)
Обчисліть параметр порядку на атом для вуглецевих хвостів

gmx-принципал(1)
Обчисліть головні осі інерції для групи атомів

gmx-rdf(1)
Обчисліть радіальні функції розподілу

gmx-saltbr(1)
Розрахувати сольові містки

gmx-sorient(1)
Проаналізуйте орієнтацію розчинника навколо розчинених речовин

gmx-spol(1)
Проаналізуйте орієнтацію диполя розчинника та поляризацію навколо розчинених речовин

Кінетичний властивості
gmx-бар(1)
Обчисліть оцінку різниці вільної енергії за допомогою коефіцієнта прийняття Беннета

gmx-струм(1)
Розрахувати діелектричні проникності та поточну автокореляційну функцію

gmx-dos(1)
На основі цього аналізуйте щільність станів і властивостей

gmx-dyecoupl(1)
Витягніть динаміку барвника з траєкторій

gmx-принципал(1)
Обчисліть головні осі інерції для групи атомів

gmx-tcaf(1)
Обчисліть в’язкість рідин

gmx-traj(1)
Графік x, v, f, коробка, температура та обертальна енергія від траєкторій

gmx-vanhove(1)
Обчисліть функції зміщення Ван Хоува та кореляції

gmx-velacc(1)
Розрахувати автокореляційні функції швидкості

Електростатичний властивості
gmx-струм(1)
Розрахувати діелектричні проникності та поточну автокореляційну функцію

gmx-діелектрик(1)
Обчисліть частотно-залежні діелектричні проникності

gmx-диполі(1)
Обчисліть загальний диполь плюс флуктуації

gmx-потенціал(1)
Обчисліть електростатичний потенціал по всій коробці

gmx-spol(1)
Проаналізуйте орієнтацію диполя розчинника та поляризацію навколо розчинених речовин

gmx-genion(1)
Генерувати одноатомні іони на енергетично вигідних позиціях

Білково-специфічний аналіз
gmx-do_dssp(1)
Призначте вторинну структуру та розрахуйте площу поверхні, доступної для розчинника

gmx-chi(1)
Обчисліть усе, що ви хочете знати про хі та інші двогранники

gmx-спіраль(1)
Обчисліть основні властивості альфа-спіралей

gmx-helixorient(1)
Обчисліть локальний крок/вигин/поворот/орієнтацію всередині спіралі

gmx-rama(1)
Обчисліть графіки Рамачандрана

gmx-колесо(1)
Ділянка гвинтових коліс

інтерфейси
gmx-пакет(1)
Проаналізуйте пучки осей, наприклад, спіралі

gmx-щільність(1)
Обчисліть густину системи

gmx-densmap(1)
Розрахувати 2D планарні або осьово-радіальні карти щільності

gmx-densorder(1)
Розрахувати поверхневі коливання

gmx-h2порядок(1)
Обчисліть орієнтацію молекул води

gmx-hydrorder(1)
Обчисліть параметри тетраедральності навколо даного атома

gmx-замовлення(1)
Обчисліть параметр порядку на атом для вуглецевих хвостів

gmx-потенціал(1)
Обчисліть електростатичний потенціал по всій коробці

Коваріація аналіз
gmx-anaeig(1)
Проаналізуйте власні вектори

gmx-covar(1)
Розрахувати та діагоналізувати коваріаційну матрицю

gmx-make_edi(1)
Створення вхідних файлів для вибірки важливої ​​динаміки

нормальний Режими
gmx-anaeig(1)
Проаналізуйте нормальні режими

gmx-nmeig(1)
Діагоналізувати гессиан для аналізу нормального режиму

gmx-nmtraj(1)
Створення віртуальної коливальної траєкторії з власного вектора

gmx-nmens(1)
Створення ансамблю структур із звичайних режимів

gmx-grompp(1)
Зробіть вхідний файл запуску

gmx-mdrun(1)
Знайдіть мінімум потенціальної енергії та обчисліть гессиан

АВТОРСЬКЕ

2015, команда розробників GROMACS

Використовуйте gmx_d онлайн за допомогою служб onworks.net