gmx-density – онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-density - Розрахувати щільність системи

СИНТАКСИС

щільність gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-еі [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ні]ж] [-xvg ] [-d ]
[-сл ] [-лігва ] [-нг ] [-[ні]центр]
[-[ні]симм] [-[ні]родич]

ОПИС

gmx Щільність обчислює часткові щільності по всій коробці, використовуючи файл індексу.

Для загальної щільності моделювання NPT використовуйте gmx енергія замість цього.

варіант -центр виконує групування гістограми відносно центру довільного
групі в абсолютних координатах прямокутника. Якщо ви розраховуєте профілі вздовж поля осі Z
розмір bZ, вихід буде від -bZ/2 до bZ/2, якщо центрувати на основі всієї системи.
Зауважте, що ця поведінка змінилася в GROMACS 5.0; попередні версії просто виконували a
статичний бінінг в (0,bZ) і зміщений вихід. Тепер обчислюємо центр для кожного кадру
і відсік у (-bZ/2,bZ/2).

варіант -симм симетричний вихід навколо центру. Це автоматично ввімкнеться
-центр також Варіант - родич виконує збирання у відносному замість абсолютного поля
координати та масштабує кінцевий результат із середнім розміром коробки вздовж виходу
вісь. Це можна використовувати в поєднанні з -центр.

Густини вказані в кг/м^3, чисельні чи електронні густини також можуть бути
розраховано. Для електронної густини файл з описом кількості електронів для кожного
тип атома слід надати за допомогою -еі. Це має виглядати так:

2
атомна назва = nrelectrons
атомна назва = nrelectrons

Перший рядок містить кількість рядків для читання з файлу. Має бути один
рядок для кожного унікального імені атома у вашій системі. Кількість електронів для кожного атома дорівнює
змінений його атомним частковим зарядом.

ВАЖЛИВІ МІРКУВАННЯ ДЛЯ ДВОШАРІВ

Одним із найпоширеніших сценаріїв використання є обчислення щільності різних груп
через ліпідний бішар, як правило, вісь z є нормальним напрямком. Для короткого
моделювання, невеликі системи та фіксовані розміри коробки це буде працювати добре, але для більшого
загальний випадок ліпідних бішарів може бути ускладненим. Перша проблема, що поки обидва
білки та ліпіди мають низьку об'ємну стисливість, ліпіди мають досить високу площу
стисливість. Це означає, що форма коробки (товщина та площа/ліпід) буде коливатися
істотно навіть для повністю розслабленої системи. Оскільки GROMACS розміщує коробку між
початок координат і позитивні координати, це, в свою чергу, означає, що двошаровий центр центрується в коробці
через ці коливання трохи переміститься вгору/вниз, і ваш профіль буде змазано. Найлегший
Спосіб виправити це (якщо ви хочете муфту під тиском) - використовувати -центр варіант, що
обчислює профіль щільності відносно центру коробки. Зауважте, що ви можете
все ще зосереджуватися на двошаровій частині, навіть якщо у вас є складна несиметрична система з a
двошарові і, скажімо, мембранні білки - тоді наш вихід просто матиме більше значень на одному
сторона (центрального) посилання на початок координат.

Навіть центрований розрахунок призведе до деякого розмазування вихідних профілів, як
самі ліпіди стискаються і розширюються. У більшості випадків ви, ймовірно, цього хочете (оскільки
це відповідає макроскопічним експериментам), але якщо ви хочете подивитися на молекулярні деталі
Ви можете використовувати - родич можливість спробувати видалити ще більше ефектів гучності
коливання.

Нарешті, великі двошари, які не піддаються поверхневому натягу, будуть проявляти хвилеподібну форму
флуктуації, коли в системі утворюються «хвилі». Це принципово
властивість біологічної системи, і якщо ви порівнюєте з експериментами, ви, ймовірно
хочуть включити ефект хвилястого розмазування.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

-еі [<.dat>] (electrons.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (density.xvg)
файл xvgr/xmgr

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-d (Z)
Візьміть нормаль на мембрану в напрямку X, Y або Z.

-сл (50)
Розділіть коробку на цю кількість скибочок.

-лігва (маса)
Густина: маса, число, заряд, електрон

-нг (1)
Кількість груп для обчислення щільності.

-[ні]центр (немає)
Виконайте розбивку відносно центру (змінного) ящика. Корисно для
двошарові.

-[ні]симм (немає)
Симетрично розподілити щільність по осі відносно центру. Корисно для
двошарові.

-[ні]родич (немає)
Використовуйте відносні координати для зміни квадратів і масштабуйте вихідні дані за середніми розмірами.

KNOWN ПИТАННЯ

· При обчисленні електронної густини замість типів використовуються назви атомів. Це погано.

Використовуйте gmx-density онлайн за допомогою служб onworks.net