gmx-energy – онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-energy - записує енергію у файли xvg і відображає середні значення

СИНТАКСИС

gmx енергія [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-віол [<.xvg>]] [- пари [<.xvg>]] [-ора [<.xvg>]]
[-орт [<.xvg>]] [-ода [<.xvg>]] [-одр [<.xvg>]]
[-одт [<.xvg>]] [-отен [<.xvg>]] [-кор [<.xvg>]]
[-віз [<.xvg>]] [-равг [<.xvg>]] [-одх [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[ні]ж] [-xvg ] [-[без]плати]
[-фемп ] [-зеро ] [-[ні]сума] [-[ні]дп]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[ні]мутот] [-пропустити ]
[-[ні]авер] [-нмоль ] [-[ні]fluct_props]
[-[no]driftcorr] [-[ні]флюк] [-[ні]орінст] [-[но]овець]
[-акфлен ] [-[ні]нормалізувати] [-P ]
[-fitfn ] [-початок ] [- Endfit ]

ОПИС

gmx енергія витягує енергетичні компоненти або дані про обмеження відстані з енергетичного файлу. The
користувачеві пропонується в інтерактивному режимі вибрати потрібні терміни енергії.

Середнє значення, RMSD і дрейф обчислюються з повною точністю на основі моделювання (див.
друкований посібник). Дрейф обчислюється шляхом підгонки даних за методом найменших квадратів до a
пряма лінія. Повідомлений загальний дрейф – це різниця підгонки першого та останнього
точка. Середня оцінка похибки дається на основі середніх показників блоку за 5 блоків
використовуючи середні з повною точністю. Оцінка помилки може бути виконана для кількох блоків
довжини з параметрами -nbmin та -nbmax. примітки що в більшості випадків енергетичні файли
містить усереднені значення для всіх кроків MD або за набагато більше точок, ніж кількість кадрів
енергетичний файл. Це робить gmx енергія виведення статистичних даних точніше, ніж .xvg
вихід. Коли точні середні значення відсутні в енергетичному файлі, згадується статистика
вище просто над одиночними значеннями енергії на кадр.

Термін флуктуація дає RMSD навколо найменших квадратів.

Деякі властивості, що залежать від флуктуацій, можна розрахувати за умови правильних енергетичних термінів
вибрано, а також параметр командного рядка -fluct_props надається. Наступні
будуть обчислені властивості:

┌────────────────────────────────┬─────────────── ─────┐
│Власність │ Необхідні енергетичні умови │
├────────────────────────────────┼─────────────── ─────┤
│Теплоємність C_p (NPT sims): │ ентальпія, температура │
├────────────────────────────────┼─────────────── ─────┤
│Теплоємність C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼─────────────── ─────┤
│Коефіцієнт теплового розширення. (NPT): │ Ентальпія, об’єм, температура │
├────────────────────────────────┼─────────────── ─────┤
│Ізотермічна стисливість: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼─────────────── ─────┤
│Адіабатичний об’ємний модуль: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴─────────────── ─────┘

Вам завжди потрібно встановлювати кількість молекул -нмоль. Обчислення C_p/C_v роблять НЕ
включати будь-які поправки для квантових ефектів. Використовувати gmx душ програма, якщо вам це потрібно (і
ви робите).

Коли -віол встановлено, усереднені за часом порушення відображаються та виконуються
перераховується усереднена за часом та миттєва сума порушень. Додатково біг
усереднені за часом та миттєві відстані між вибраними парами можна побудувати за допомогою
- пари варіант.

Опції -ора, -орт, -ода, -одр та -одт використовуються для аналізу даних про обмеження орієнтації.
Перші два варіанти показують орієнтацію, останні три – відхилення
орієнтації з експериментальних значень. Параметри, які закінчуються на 'a', відображають
середнє за часом як функція стримування. Параметри, які закінчуються на "t", підказують
користувача для номерів етикеток обмеження та побудови даних як функції часу. Варіант -одр
зображує RMS відхилення як функцію обмеження. При пробігу використаний час або ансамбль
усереднені обмеження орієнтації, варіант -орінст можна використовувати для аналізу миттєвого,
не усереднені по ансамблю орієнтації та відхилення замість часу й ансамблю
середні.

варіант -отен будує графіки власних значень тензора молекулярного порядку для кожної орієнтації
стриманий експеримент. З опцією -овець також будуються власні вектори.

варіант -одх витягує та побудовує графіки даних про вільну енергію (Гамільтоївські відмінності та/або
Гамільтонова похідна dhdl) від енер.едр файлу.

з - плата розраховується оцінка різниці вільної енергії з ідеальним газом
штат:

Дельта A = A(N,V,T) - A_ідеальнийгаз(N,V,T) = kT ln( )
Дельта G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

де k – постійна Больцмана, T визначається як -фемп і середнє значення над ансамблем
(або час на траєкторії). Зауважте, що це в принципі правильно лише при усередненні
над усім (Больцманівським) ансамблем і з використанням потенціальної енергії. Це також дозволяє
оцінка ентропії з використанням:

Дельта S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Дельта А)/Т
Дельта S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Коли вказано другий енергетичний файл (-f2), розраховується різниця вільної енергії:

dF = -kT ln( _A) ,

де E_A та E_B – це енергії з першого та другого енергетичних файлів, а також середнє значення
над ансамблем A. Бігуче середнє різниці вільної енергії друкується до a
файл, визначений за допомогою -равг. примітки що енергії обидві повинні бути обчислені з однакового
траєкторія.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Енергетичний файл

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Необов'язково)
Енергетичний файл

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
файл xvgr/xmgr

-віол [<.xvg>] (violaver.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

- пари [<.xvg>] (пари.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-ора [<.xvg>] (orienta.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-орт [<.xvg>] (orientt.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-ода [<.xvg>] (orideva.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-одр [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-одт [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-отен [<.xvg>] (oriten.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-кор [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-віз [<.xvg>] (visco.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-равг [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-одх [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-[без]плати (немає)
Зробіть безкоштовну оцінку енергії

-фемп (300)
Еталонна температура для розрахунку вільної енергії

-зеро (0)
Відніміть енергію нульової точки

-[ні]сума (немає)
Підсумуйте вибрані енергетичні терміни, а не показуйте їх усі

-[ні]дп (немає)
Друкуйте енергії з високою точністю

-nbmin (5)
Мінімальна кількість блоків для оцінки помилки

-nbmax (5)
Максимальна кількість блоків для оцінки помилки

-[ні]мутот (немає)
Обчисліть повний дипольний момент за компонентами

-пропустити (0)
Пропускати кількість кадрів між точками даних

-[ні]авер (немає)
Також надрукуйте точне середнє значення та середньоквадратичне значення, збережене в енергетичних кадрах (тільки якщо 1 член
проситься)

-нмоль (1)
Кількість молекул у вашому зразку: енергії поділено на це число

-[ні]fluct_props (немає)
Розрахуйте властивості на основі коливань енергії, наприклад теплоємність

-[no]driftcorr (немає)
Корисно лише для розрахунків флуктуаційних властивостей. Дрейф у
спостережувані будуть відніматися перед обчисленням властивостей флуктуації.

-[ні]флюк (немає)
Розрахувати автокореляцію коливань енергії, а не самої енергії

-[ні]орінст (немає)
Проаналізуйте миттєві дані про орієнтацію

-[но]овець (немає)
Також побудуйте власні вектори з -отен

-акфлен (-1)
Довжина ACF за замовчуванням дорівнює половині кількості кадрів

-[ні]нормалізувати (так)
Нормалізувати АКФ

-P (0)
Порядок полінома Лежандра для ACF (0 означає відсутність): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Ні)
Функція відповідності: немає, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-початок (0)
Час, з якого починається експоненціальна підгонка кореляційної функції

- Endfit (-1)
Час, коли закінчиться експоненціальна підгонка кореляційної функції, -1 до моменту
кінець

Використовуйте gmx-energy онлайн за допомогою служб onworks.net