Це команда gmx-nmeig, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-nmeig - діагоналізувати гессіан для аналізу нормального режиму
СИНТАКСИС
gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-оф [<.xvg>]] [-ол [<.xvg>]]
[-кістка [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[ні]м] [-спочатку ] [-останнє ]
[-maxspec ] [-T ] [-[ні]констр] [-ширина ]
ОПИС
gmx nmeig обчислює власні вектори/значення матриці (Гессена), яку можна
розраховано з gmx mdrun. Власні вектори записуються у файл траєкторії (-v).
структура записується спочатку з t=0. Власні вектори записуються як рамки з
номер власного вектора як позначка часу. Власні вектори можна аналізувати за допомогою gmx anaeig.
ансамбль структур можна породити з власних векторів с gmx nmens. Коли мас
використовується зважування, створені власні вектори будуть зменшені до простого декартового
координати перед створенням результату. У цьому випадку їх точно не буде
ортогональними в стандартній декартовій нормі, але в зваженій за масою нормі вони будуть.
Цю програму можна додатково використовувати для обчислення квантових поправок на теплоємність і
ентальпії шляхом надання додаткового аргументу файлу -qкорр. Дивіться посібник GROMACS, Глава 1,
для деталей. Результат включає віднімання гармонійного ступеня свободи при заданому
температура. Загальна поправка друкується на екрані терміналу. Рекомендований спосіб
отримання виправлень:
gmx nmeig -s топол.тпр -f nm.mtx -спочатку 7 -останнє 10000 -T 300 -qc [-constr]
Команда -констр Опцію слід використовувати, коли під час моделювання використовувалися обмеження зв'язку
та цінності всі ковалентний облігації. Якщо це не так, потрібно проаналізувати
quant_corr.xvg подайте себе.
Щоб зробити речі більш гнучкими, програма також може враховувати віртуальні сайти, коли
обчислення квантових поправок. При виборі -констр та -qc, -почати та -кінець опції
також буде встановлено автоматично. Знову ж таки, якщо ви думаєте, що знаєте це краще, будь ласка, перевірте
eigenfreq.xvg вихід.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
Матриця Гессена
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr
Параметри для визначення вихідних файлів:
-оф [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
файл xvgr/xmgr
-ол [<.xvg>] (eigenval.xvg)
файл xvgr/xmgr
-кістка [<.xvg>] (спектр.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг
Інші варіанти:
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
-[ні]м (так)
Розділіть елементи гессена на добуток кв(маса) залучених атомів до
діагоналізація. Це слід використовувати для аналізу «Нормальних режимів».
-спочатку (1)
Перший власний вектор для запису
-останнє (50)
Останній власний вектор для запису
-maxspec (4000)
Найвища частота (1/см) для розгляду в спектрі
-T (298.15)
Температура для обчислення квантової теплоємності та ентальпії при використанні нормального режиму
розрахунки для виправлення класичного моделювання
-[ні]констр (немає)
Якщо обмеження використовувалися в моделюванні, але не в аналізі в нормальному режимі
(це рекомендований спосіб зробити це) вам потрібно буде встановити це для обчислень
квантові поправки.
-ширина (1)
Ширина (сигма) гаусових піків (1/см) при генерації спектру
Використовуйте gmx-nmeig онлайн за допомогою служб onworks.net
