gmx-sham - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-sham - Обчислюйте вільні енергії або інші гістограми з гістограм

СИНТАКСИС

gmx обман [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ене [<.xvg>]] [- дист [<.xvg>]]
[-гісто [<.xvg>]] [-бін [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-лш [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[ні]ж] [-xvg ]
[-[немає часу] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[ні] г] [-[ні] бутафорський] [-тшам ]
[-pmin ] [- тьмяний ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pмакс ]
[-gmax ] [-емін ] [-емакс ]
[-nрівні ]

ОПИС

gmx шахрайство створює багатовимірні графіки вільної енергії, ентальпії та ентропії. gmx шахрайство читає
один або більше .xvg файли та аналізує набори даних. Основне призначення gmx шахрайство є сюжет
Ландшафти вільної енергії Гіббса (опція -ls) за Больцманом, інвертуючи багатовимірні
гістограми (опція -lp), але він також може створювати ентальпію (опція -лш) і ентропія (опція
-lss) сюжети. Гістограми можна зробити для будь-яких кількостей, які постачає користувач. Лінія в
вхідний файл може починатися з часу (див. параметр -час) і будь-яку кількість y-значення можуть
слідувати. Кілька наборів також можна прочитати, якщо вони розділені символом & (опція -n), у цьому
випадок лише один y-значення зчитується з кожного рядка. Усі рядки, які починаються з # і @, є
пропущено.

варіант -ge може використовуватися для забезпечення файлу вільною енергією, коли ансамбль не є a
ансамблю Больцмана, але має бути упередженим через цю вільну енергію. Одна вільна енергетична цінність
необхідний для кожної (багатовимірної) точки даних у -f Вхід

варіант -ене можна використовувати для забезпечення файлу енергіями. Ці енергії використовуються як а
зважувальна функція в методі аналізу однієї гістограми Кумара та ін. Коли
температури надаються (як другий стовпець у файлі), експериментальне зважування
застосовується схема. Крім того, долини використовуються для створення графіків ентальпії та ентропії.

З опцією - тьмяний, розміри можуть бути наведені для відстаней. Коли відстань 2- або
3-вимірний, окружність або поверхня, відібрана двома частинками, збільшується
збільшення відстані. Залежно від того, що ви хотіли б показати, можна вибрати виправлення
гістограма та вільна енергія для цього ефекту об’єму. Ймовірність нормується на r
і r^2 для розмірів 2 і 3 відповідно. Значення -1 використовується для позначення an
кут у градусах між двома векторами: буде застосовано нормування sin(angle). примітки
що для кутів між векторами внутрішній добуток або косинус є натуральною величиною
використовувати, так як це буде створювати бункери однакового обсягу.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
файл xvgr/xmgr

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-ене [<.xvg>] (esham.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

Параметри для визначення вихідних файлів:

- дист [<.xvg>] (ener.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-гісто [<.xvg>] (edist.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-бін [<.ndx>] (bindex.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-лш [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Необов'язково)
Файл банку даних білка

-g [<.log>] (shamlog.log) (Необов'язково)
Файл журналу

Інші варіанти:

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-[немає часу (так)
Очікуйте час у вводі

-b (-1)
Перший раз читати з набору

-e (-1)
Останній раз читати з набору

-ttol (0)
Допуск на час у відповідних одиницях (зазвичай пс)

-n (1)
Прочитайте цю кількість наборів, розділених рядками, що містять лише амперсанд

-[ні] г (немає)
Використовуйте похідну

-[ні] бутафорський (так)
Вимкніть зважування енергії, навіть якщо енергії дані

-тшам (298.15)
Температура для аналізу однієї гістограми

-pmin (0)
Мінімальна ймовірність. Все, що нижче цього, буде встановлено на нуль

- тьмяний (1 1 1)
Розміри відстаней, які використовуються для корекції об’єму (максимум 3 значення, розміри > 3
отримає те саме значення, що й останнє)

-ngrid (32 32 32)
Кількість бункерів для енергетичних ландшафтів (максимум 3 значення, розміри > 3 отримають
таке ж значення, як і останнє)

-xmin (0 0 0)
Мінімум для осей в енергетичному ландшафті (див. вище для > 3 вимірів)

-xmax (1 1 1)
Максимум для осей в енергетичному ландшафті (див. вище для > 3 вимірів)

-pмакс (0)
Розраховується максимальна ймовірність виходу, за замовчуванням

-gmax (0)
Максимальна вільна енергія на виході, розрахована за замовчуванням

-емін (0)
Мінімальна ентальпія на виході, за замовчуванням обчислюється

-емакс (0)
Максимальна ентальпія на виході, за замовчуванням обчислюється

-nрівні (25)
Кількість рівнів для енергетичного ландшафту

Використовуйте gmx-sham онлайн за допомогою служб onworks.net