gmx-wham - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-wham - Виконайте аналіз зваженої гістограми після вибірки парасольки

СИНТАКСИС

gmx wham [-ix [<.dat>]] [-якщо [<.dat>]] [-це [<.dat>]] [-ip [<.dat>]]
[-є [<.dat>]] [-ііакт [<.dat>]] [- вкладка [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-істор [<.xvg>]] [-oiact [<.xvg>]]
[-bsres [<.xvg>]] [-бспроф [<.xvg>]] [-xvg ]
[-хв ] [-макс ] [-[ні]авто] [- урни ]
[-темп ] [-тол ] [-[ні]v] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ні]гістоно] [-[без обмежень].]
[-[ні]журнал] [- одиниця ] [-zprof0 ] [-[ні]цикл]
[-[ні]сим] [-[ні]ак] [-acsig ] [-ac-trestart ]
[-nBootstrap ] [-bs-метод ] [-bs-tau ]
[-bs-насіння ] [-histbs-блок ] [-[ні]vbs]

ОПИС

gmx гам — це програма аналізу, яка реалізує метод аналізу зваженої гістограми
(WHAM). Він призначений для аналізу вихідних файлів, створених за допомогою моделювання парасолькової вибірки
обчислити потенціал середньої сили (PMF).

gmx гам наразі не повністю оновлений. Він підтримує лише налаштування витягування, де є першими
Координата(и) витягування є/є координатами витягування парасольки та, якщо потрібно декілька координат
Для аналізу всі використовували однакову геометрію та розміри. У більшості випадків це не є
проблема.

На даний момент підтримуються три режими введення.

· З опцією -це, користувач надає файл, який містить імена файлів парасольки
вхідні файли моделювання (.tpr файли), І з опцією -ix, файл, який містить
імена файлів pullx mdrun вихідні файли. The .tpr і файли pullx мають бути в
відповідний порядок, тобто перший .tpr створив перший pullx тощо.

· Те саме, що й попередній режим введення, за винятком того, що користувач надає вихідну силу тяги
імена файлів (pullf.xvg) з опцією -якщо. Від тягової сили положення в
розраховується потенціал парасольки. Це не працює з таблицьними потенціалами парасольки.

· З опцією -ip, користувач надає імена файлів (gzipped) .pdo, тобто GROMACS
3.3 вихідні файли парасольки. Якщо у вас є якісь незвичайні координати реакції, ви також можете
створюйте власні файли .pdo і подавайте їх за допомогою -ip варіант в до gmx гам,
Заголовок файлу .pdo має бути подібним до такого:

# ПАРОЛЬКА 3.0
# Вибір компонента: 0 0 1
# nПропустити 1
# Ref. Група "TestAtom"
№ № тягових груп 2
# Група 1 'GR1' Umb. Поз. 5.0 Umb. Мінуси. 1000.0
# Група 2 'GR2' Umb. Поз. 2.0 Umb. Мінуси. 500.0
#####

Кількість тягових груп, положень парасольок, силових констант і назв може (з
курс) відрізняються. Після заголовка стовпець часу та стовпець даних для кожного витягування
слідує група (тобто зміщення відносно центру парасольки). До чотирьох
наразі можливі групи витягування для файлу .pdo.

За замовчуванням усі групи витягування, знайдені у всіх файлах pullx/pullf, використовуються в WHAM. Якщо тільки деякі
з груп витягування слід використовувати файл вибору групи витягування (опція -є) може бути
надано. Файл вибору повинен містити один рядок для кожного файлу tpr у tpr-files.dat.
Кожен із цих рядків повинен містити одну цифру (0 або 1) для кожної групи витягування у файлі tpr.
Тут 1 означає, що група витягування використовується в WHAM, а 0 означає, що вона опущена. приклад:
Якщо у вас є три файли tpr, кожен із яких містить 4 групи витягування, але лише групи витягування 1 і 2
слід використовувати, groupsel.dat виглядає так:

1 1 0 0
1 1 0 0
1 1 0 0

За замовчуванням вихідні файли є

· -o Вихідний файл PMF

· -істор Вихідний файл гістограм

Завжди перевіряйте, чи достатньо гістограми перекриваються.

Парасольковий потенціал вважається гармонійним, а силові константи зчитуються з
.tpr або файли .pdo. Якщо була застосована негармонійна парасолькова сила, можна отримати табличний потенціал
бути забезпечений - вкладка.

ЧАС опції
· - урни Кількість бункерів, що використовуються в аналізі

· -темп Температура в моделюванні

· -тол Зупинити ітерацію, якщо профіль (ймовірність) змінився менше, ніж допуск

· -автоматично Автоматичне визначення меж

· -мін,-макс Межі профілю

Точки даних, які використовуються для обчислення профілю, можна обмежити за допомогою параметрів -b,
-e та -dt. Налаштуйте -b щоб забезпечити достатню рівновагу в кожному віконці парасольки.

З -лог (за замовчуванням) профіль записується в одиницях енергії, інакше (з -нолог) як
ймовірність. Одиницю можна вказати за допомогою - одиниця. З виходом енергії, енергія в
перший бункер визначається як нуль. Якщо ви хочете отримати вільну енергію в іншій позиції
бути нульовим, встановити -zprof0 (корисно під час завантаження, див. нижче).

Для циклічних або періодичних координат реакції (двогранний кут, канал PMF без осмотичного
градієнт), параметр -цикл корисно. gmx гам буде використовувати періодичність
системи та генерувати періодичний PMF. Перший і останній біни координати реакції
буде вважатися сусідами.

варіант -сим симетричний профіль навколо z=0 перед виведенням, що може бути корисно для,
наприклад мембрани.

Паралелізація
Якщо доступно, кількість потоків OpenMP, які використовує g_wham, керується за допомогою -нт.

Автокореляції
З -ак, gmx гам оцінює інтегральний час автокореляції (IACT) tau для кожного
вікно-парасольку і зважує відповідне вікно 1/[1+2*tau/dt]. IACT є
записується у файл, визначений за допомогою -oiact. У докладному режимі всі функції автокореляції
(ACF) записуються hist_autocorr.xvg. Тому що IACT можуть бути сильно недооцінені
у разі обмеженої вибірки, варіант -acsig дозволяє згладити IACT уздовж
координата реакції з гауссіаном (сигма надається з -acsig, див. вихід у iact.xvg).
Зауважте, що IACT оцінюються шляхом простого інтегрування ACF, тоді як ACF є
більше 0.05. Якщо ви віддаєте перевагу обчисленню IACT за допомогою більш складного (але можливо
менш надійний), такий як підгонка до подвійної експоненці, можна обчислити IACT
з gmx аналізувати і надати їх gmx гам з файлом iact-in.dat (варіант -ііакт),
який повинен містити один рядок на вхідний файл (файл .pdo або pullx/f) і один стовпець на
витягнути групу у відповідний файл.

помилка аналіз
Статистичні помилки можна оцінити за допомогою аналізу завантаження. Використовуйте його обережно, інакше
статистична похибка може бути значно занижена. Більше фону та прикладів
про техніку bootstrap можна знайти в Hub, de Groot and Van der Spoel, JCTC (2010)
6: 3713-3720. -nBootstrap визначає кількість завантажень (використовуйте, наприклад, 100). Чотири
Методи завантаження підтримуються та вибираються за допомогою -bs-метод.

· б-іст За замовчуванням: повні гістограми розглядаються як незалежні точки даних, і
bootstrap здійснюється шляхом призначення випадкових ваг гістограм ("Байєсівський
bootstrap"). Зверніть увагу, що кожна точка вздовж координати реакції має бути покрита
кілька незалежних гістограм (наприклад, 10 гістограм), інакше статистична похибка є
занижена.

· тс Повні гістограми розглядаються як незалежні точки даних. Для кожного
bootstrap, N гістограм випадковим чином вибираються з N заданих гістограм (дозволяючи
дублювання, тобто вибірка із заміною). Щоб уникнути пробілів без даних вздовж
блоки координат реакції гістограм (-histbs-блок) можна визначити. В такому разі,
дані гістограми розділені на блоки, і лише гістограми всередині кожного блоку
змішаний. Зверніть увагу, що гістограми в кожному блоці повинні бути репрезентативними для всіх
можливі гістограми, інакше статистичну похибку недооцінюють.

· трай Наведені гістограми використовуються для генерування нових випадкових траєкторій, таких, що
згенеровані точки даних розподіляються відповідно до заданих гістограм і належним чином
автокорельований. Час автокореляції (ACT) для кожного вікна має бути відомим, тому використовуйте -ак
або надати ACT з -ііакт. Якщо ACT всіх вікон ідентичні (і відомі), ви
також може надати їм -bs-tau. Зауважте, що цей метод може сильно недооцінювати
помилка в разі обмеженої вибірки, тобто якщо окремі гістограми не відображають
повний фазовий простір у відповідних позиціях.

· трай-гаус Те саме, що метод трай, але траєкторії не завантажуються з
парасолькові гістограми, але з гауссів із середнім значенням і шириною парасольки
гістограми. Цей метод дає подібні оцінки помилок, як і метод трай.

Вихід для завантаження:

· -bsres Середній профіль і стандартні відхилення

· -бспроф Усі профілі завантаження

З -vbs (докладне завантаження), записуються гістограми кожного завантажувача, і, с
метод завантаження трай, кумулятивні функції розподілу гістограм.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-ix [<.dat>] (pullx-files.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-якщо [<.dat>] (pullf-files.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-це [<.dat>] (tpr-files.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-ip [<.dat>] (pdo-files.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-є [<.dat>] (groupsel.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-ііакт [<.dat>] (iact-in.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

- вкладка [<.dat>] (umb-pot.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (profile.xvg)
файл xvgr/xmgr

-істор [<.xvg>] (histo.xvg)
файл xvgr/xmgr

-oiact [<.xvg>] (iact.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-bsres [<.xvg>] (bsResult.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-бспроф [<.xvg>] (bsProfs.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

Інші варіанти:

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-хв (0)
Мінімальна координата в профілі

-макс (0)
Максимальна координата в профілі

-[ні]авто (так)
Автоматично визначте мінімальну та максимальну кількість

- урни (200)
Кількість бункерів у профілі

-темп (298)
температура

-тол (1e-06)
Терпимість

-[ні]v (немає)
Докладний режим

-b (50)
Перший раз аналізувати (ps)

-e (1e+20)
Останній раз аналізувати (ps)

-dt (0)
Аналізуйте тільки кожен dt ps

-[ні]гістоно (немає)
Напишіть гістограми і вийдіть

-[без обмежень]. (немає)
Визначте мінімальне та максимальне значення та вийдіть (з -автоматично)

-[ні]журнал (так)
Розрахуйте журнал профілю перед друком

- одиниця (кДж)
Одиниця енергії в разі логарифмічного виходу: кДж, кКал, кТ

-zprof0 (0)
Визначте профіль на 0.0 у цій позиції (з -лог)

-[ні]цикл (немає)
Створіть циклічний/періодичний профіль. Припускається, що min і max є однією і тією ж точкою.

-[ні]сим (немає)
Симетрізувати профіль навколо z=0

-[ні]ак (немає)
Обчислюйте інтегровані часи автокореляції та використовуйте в wham

-acsig (0)
Гладкі часи автокореляції вздовж координати реакції з гауссом цієї сигми

-ac-trestart (1)
Під час обчислення функцій автокореляції перезапускайте обчислення кожні .. (ps)

-nBootstrap (0)
кількість завантажень для оцінки статистичної невизначеності (наприклад, 200)

-bs-метод (б-історія)
Метод завантаження: b-hist, hist, traj, traj-gauss

-bs-tau (0)
Час автокореляції (ACT) прийнято для всіх гістограм. Використовуйте опцію -ак якщо ACT є
невідомо.

-bs-насіння (-1)
Насіння для завантаження. (-1 = час використання)

-histbs-блок (8)
При змішуванні гістограм змішуються лише в межах блоків -histbs-блок.

-[ні]vbs (немає)
Детальне завантаження. Роздрукуйте CDF і файл гістограми для кожного завантажувача.

Використовуйте gmx-wham онлайн за допомогою служб onworks.net