go2prologp - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - інструмент перетворення та його обгортки

СИНТАКСИС

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml онтологія/*.онтологія
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml онтологія/gene_ontology.obo

ОПИС

аналізує будь-який файл онтології стилю GO/OBO і записує в іншому форматі

АРГУМЕНТИ
-e ПОМИЛКА

записує помилки аналізу в XML - за замовчуванням STDERR (не повинно бути помилок розбору в добре
сформовані файли)

-p ФОРМАТ

визначає, який аналізатор використовувати; якщо не вказано, зробить припущення на основі файлу
суфікс. Формати дивіться нижче

-w|письменник ФОРМАТ

формат для виведення - список див. нижче

-|xslt XSLT

Ім'я або ім'я файлу перетворення XSLT

Це може бути або абсолютний шлях до файлу в будь-якому місці файлової системи, або просто
бути ім'ям xslt; наприклад

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Якщо вказано ім'я, то в першу чергу буде здійснюватися пошук $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl; якщо
GO_ROOT не встановлено, тоді буде здійснено пошук у папці модулів perl, де встановлено GO (
xslts буде встановлено тут автоматично, якщо ви дотримуєтеся звичайного процесу встановлення)

-use_cache
Якщо вказано цей перемикач, то вмикається режим кешування.

У режимі кешування під час першого аналізу файлу буде додатковий файл
експортується в спеціальному форматі, який швидко аналізується. Цей файл матиме те саме ім’я файлу
як вихідний файл, за винятком того, що він матиме суфікс ".cache".

Наступного разу, коли ви проаналізуєте файл, ця програма автоматично перевірить його існування
файлу ".cache". Якщо він існує і є пізнішим за вказаний файл, це
замість цього аналізується. Якщо його немає, його перебудовують.

Це призведе до підвищення швидкості для b з вихідних форматів нижче (наприклад
список шляхів). Більшість вихідних форматів працюють з аналізом на основі подій, тому кешування об’єкта приносить
ніякої користі і насправді буде повільніше, ніж обхід кешу

ФОРМАТИ
доступні для запису формати

go_ont
Файли із суфіксом ".ontology"

У них зберігаються онтологічні DAG

go_def
Файли із суфіксом ".defs"

go_xref
Посилання на зовнішні бази даних для термінів GO

Файли із суфіксом "2go" (наприклад, ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Анотації генів або генних продуктів за допомогою GO

Файли з префіксом "gene-association".

obo_text
Файли із суфіксом ".obo"

Це новий формат файлу, який замінює існуючі плоскі формати файлів GO. Це
обробляє онтології, визначення та зовнішні посилання (але не асоціації)

obo_xml
Файли із суфіксом ".obo.xml" або ".obo-xml"

Це XML-версія плоского формату файлу OBO вище

пролог
факти прологу - для їх використання вам знадобиться компілятор/інтерпретатор прологу. Ти можеш
обґрунтувати ці факти за допомогою «Оболя» або майбутнього проекту Bio-LP

tbl просте табличне представлення (з втратами).

резюме
можна використовувати як для файлів онтологій, так і для файлів асоціацій

список шляхів
показує всі шляхи до кореня

Формат owl OWL (за замовчуванням: OWL-DL)

OWL — це стандартний формат W3C для онтологій

Для цього вам знадобляться файли XSL з повного дистрибутива go-dev; див. XML
розділ вhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
подання YAML об'єкта GO::Model::Graph

obj_storable
Дамп об'єкта perl GO::Model::Graph. Для цього вам потрібен Storable від CPAN
працювати. Це призначено для кешування об’єктів у файловій системі для швидкого доступу. The
Подання obj_storable може бути непереносимим

text_html
Формат виведення OBO з HTML

godb_prestore
XML, який безпосередньо відображається в реляційній схемі GODB (потім можна завантажити за допомогою
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML, який безпосередньо відображається в реляційній схемі Chado (потім можна завантажити за допомогою
stag-storenode.pl)

ДОКУМЕНТАЦІЯ
<http://www.godatabase.org/dev>

Використовуйте go2prologp онлайн за допомогою служб onworks.net