Це команда gt-ltrharvest, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-ltrharvest - Передбачення ретротранспозонів LTR.
СИНТАКСИС
gt ltrharvest [параметр ...] -index
ОПИС
-індекс [рядок]
вкажіть назву індексу масиву розширених суфіксів (обов’язково) (за замовчуванням: не визначено)
- діапазон [старт кінець]
вказати діапазон у вхідних послідовностях, у яких шукаються пари LTR (за замовчуванням:
[0..0])
- насіння [значення]
вкажіть мінімальну довжину насіння для точних повторів (за замовчуванням: 30)
-minlenltr [значення]
вкажіть мінімальну довжину для кожного LTR (за замовчуванням: 100)
-maxlenltr [значення]
вкажіть максимальну довжину для кожного LTR (за замовчуванням: 1000)
-mindistltr [значення]
вказати мінімальну відстань початкових позицій LTR (за замовчуванням: 1000)
-maxdistltr [значення]
вказати максимальну відстань початкових позицій LTR (за замовчуванням: 15000)
-подібні [значення]
вкажіть поріг подібності в діапазоні [1..100%] (за замовчуванням: 85.000000)
-mintsd [значення]
вкажіть мінімальну довжину для кожного TSD (за замовчуванням: 4)
-maxtsd [значення]
вкажіть максимальну довжину для кожного TSD (за замовчуванням: 20)
- мотив [рядок]
вкажіть 2 нуклеотиди початковий мотив + 2 нуклеотиди кінцевий мотив: ** (за замовчуванням: не визначено)
-motifmis [значення]
вказати максимальну кількість невідповідностей у мотиві [0,3] (за замовчуванням: 4)
-вик [значення]
вкажіть кількість нуклеотидів (ліворуч і праворуч), які будуть шукатися
для TSD та/або мотивів навколо 5'- і 3'-межі прогнозованих ретротранспозонів LTR
(за замовчуванням: 60)
- перекриття [...]
вказати ні|кращий|усі (за замовчуванням: найкращий)
-xdrop [значення]
вкажіть xdropbelowscore для розширення-вирівнювання (за замовчуванням: 5)
-мат [значення]
вказати результат відповідності для розширення-вирівнювання (за замовчуванням: 2)
-міс [значення]
вказати mismatchscore для розширення-вирівнювання (за замовчуванням: -2)
-inins [значення]
вкажіть оцінку вставки для розширення-вирівнювання (за замовчуванням: -3)
-дел [значення]
вказати deletionscore для розширення-вирівнювання (за замовчуванням: -3)
-v [так|ні]
детальний режим (за замовчуванням: ні)
-закладка [так|ні]
Показувати старий табличний вихід замість GFF3 на stdout (за замовчуванням: так)
-секіди [так|ні]
використовувати описи послідовностей замість порядкових номерів у виводі GFF3 (за замовчуванням: ні)
-md5 [так|ні]
додати хеші MD5 до seqid у виводі GFF3 (за замовчуванням: ні)
-тривалий вихід [так|ні]
вихід додаткового мотиву/TSD (за замовчуванням: ні)
-від [рядок]
вкажіть вихідний файл FASTA (за замовчуванням: не визначено)
- зовнішня [рядок]
вказати вихідний файл FASTA для внутрішніх регіонів (за замовчуванням: не визначено)
-gff3 [рядок]
вказати вихідний файл GFF3 (за замовчуванням: не визначено)
-зміщення [значення]
зміщення додано до координат GFF3 (за замовчуванням: 0)
-сканування [так|ні]
сканувати індекс послідовно замість відображення його в пам’яті повністю (за замовчуванням: так)
-допомога
відобразити довідку щодо основних параметрів та вийти
-допомога+
відобразити довідку для всіх параметрів і вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
ДОДАТКОВИЙ ІНФОРМАЦІЯ
Для отримання детальної інформації зверніться до посібника ltrharvest.
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки до[захищено електронною поштою]>.
Використовуйте gt-ltrharvest онлайн за допомогою сервісів onworks.net
