Це команда GWAMA, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
GWAMA - Метааналіз загальногеномної асоціації
СИНТАКСИС
GWAMA [опції]
ОПИС
Програмне забезпечення GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) виконує мета-аналіз
результати GWA досліджень бінарних або кількісних фенотипів. Фіксований і випадковий ефект
мета-аналіз виконується як для безпосередньо генотипованих, так і для імпутованих SNP з використанням оцінок
відношення алельних шансів і 95% довірчого інтервалу для бінарних ознак, а також оцінки
розмір алельного ефекту та стандартна помилка для кількісних фенотипів. GWAMA можна використовувати
для аналізу результатів усіх різних генетичних моделей (мультиплікативних, адитивних,
домінантний, рецесивний). Програмне забезпечення містить засоби виявлення помилок
помилки вирівнювання ланцюгів і перевертання алелів, а також виконує тести на гетерогенність
вплив між дослідженнями.
ВАРІАНТИ
-i, --список файлів=ім'я файлу
Вкажіть файли результатів досліджень. За замовчуванням = gwama.in
-o, - вихід=кореневий файл
Вкажіть корінь файлу для виведення аналізу. За замовчуванням = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --випадковий
Використовуйте корекцію випадкового ефекту. За замовчуванням = вимкнено
-gc, --геномний_контроль
Використовуйте геномний контроль для коригування файлів результатів досліджень. За замовчуванням = вимкнено
-gco, --genomic_control_output
Використовуйте геномний контроль у підсумку метааналізу (тобто результати метааналізу є
виправлено для gc). За замовчуванням = вимкнено
-qt, --кількісний
Виберіть версію кількісної ознаки (стовпці BETA та SE). За замовчуванням = бінарна ознака
-m, --карта=ім'я файлу
Виберіть назву файлу для карти маркерів.
-t, --поріг=0-1
Порогове значення p для відображення напрямку в напрямках підсумкового ефекту. За замовчуванням =
1
--немає_алелей
Інформація про алелі не була надана. Завжди очікується той самий EA.
--indel_alleles
Мітки алелів можуть містити більше однієї літери. Жодних перевірок ниток.
-- секс Виконайте гендерно-диференційований та гендерно-гетерогенний аналіз (метод, описаний у
стаття Magi, Lindgren & Morris 2010). Інформація про стать має бути вказана у файлі списку файлів.
(другий стовпець після імен файлів – M або F).
--маркер_назви
Альтернативний заголовок для назви маркера, стовпець.
--назва_нитка
Альтернативний заголовок стовпця пасма.
--name_n
Альтернативний заголовок до стовпця розміру вибірки.
--name_ea
Альтернативний заголовок для впливу на стовпець алеля.
--name_nea
Альтернативний заголовок стовпця алеля без ефекту.
--name_eaf
Альтернативний заголовок для впливу на стовпець частоти алелів.
--name_beta
Альтернативний заголовок для стовпця бета-версії.
--name_se
Альтернативний заголовок для std. помилка кол.
--ім'я_або
Альтернативний заголовок стовпця АБО.
--назва_або_95л
Альтернативний заголовок стовпця АБО 95L.
--ім'я_або_95u
Альтернативний заголовок для стовпця АБО 95U.
-h, --допомога
Роздрукуйте цю довідку.
-v, -- версія
Надрукуйте номер версії GWAMA. Цієї сторінки посібника має бути недостатньо. Будь ласка, використовуйте
опція довідки для швидкого нагадування про параметри gwama або перейдіть на його домашню сторінку
з онлайн-документацією або посібником для завантаження.
Використовуйте GWAMA онлайн за допомогою служб onworks.net
