hhmake - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

hhmake - створити HMM з вирівнювання введення або конвертувати між форматом HMMER і HHsearch
формат

СИНТАКСИС

hhmake -i файл [опції]

ОПИС

HHmake версії 2.0.16 (січень 2013 р.) Створіть HMM з вирівнювання введення в A2M, A3M або
FASTA або конвертувати між форматами HMMER (.hmm) і HHsearch (.hhm). Реммерт
M, Biegert A, Hauser A та Soding J. HHblits: блискавична ітераційна послідовність білка
пошук за вирівнюванням HMM-HMM. Нац. Методи 9:173-175 (2011). (C) Йоганнес Зодінг,
Майкл Реммерт, Андреас Бігерт, Андреас Хаузер

-i
вирівнювання запитів (A2M, A3M або FASTA) або запит HMM

Вихід опції:
-o
Файл HMM для запису (за замовчуванням= )

-a
Файл HMM, до якого потрібно додати

-v
докладний режим: 0: немає виводу на екран 1: тільки попередження 2: докладно

-посл
макс. кількість відображених послідовностей запитів/шаблонов (def=10) Остерігайтеся переповнень! всі
ці послідовності зберігаються в пам'яті.

- мінуси створити консенсусну послідовність головної послідовності запиту MSA

-ім'я
використовувати цю назву для HMM (за замовчуванням: використовувати назву першої послідовності)

Фільтровий запит із вирівнюванням кількох послідовностей

-ідентифікатор [0,100] максимальна ідентичність парної послідовності (%) (def=90)

-різн [0,inf[
відфільтруйте MSA, вибравши найрізноманітніший набір послідовностей, зберігаючи принаймні таку кількість
seqs у кожному блоці MSA довжиною 50 (def=100)

-cov [0,100] мінімальне покриття із запитом (%) (def=0)

-qid [0,100] мінімальна ідентичність послідовності із запитом (%) (def=0)

-qsc [0,100] мінімальний бал за стовпець із запитом (def=-20.0)

-нефф [1,inf]
цільова різноманітність вирівнювання (за замовчуванням=вимкнено)

вхід вирівнювання формат:
-M a2m використовувати A2M/A3M (за замовчуванням): верхній регістр = відповідність; нижній регістр = Вставка; '-' = Видалити; '.' =
зазори, вирівняні зі вставками (можуть бути пропущені)

-M перший
використовуйте FASTA: стовпці із залишком у 1-й послідовності є відповідними станами

-M [0,100]
використовуйте FASTA: стовпці з пробілами менше ніж X% є станами відповідності

Псевдоліч (ПК) опції:
-pcm 0-2 залежність від позиції ПК домішки 'tau' (режим комп'ютера, за замовчуванням=0)

0: без псевдорахунку:
тау = 0

1: постійний
тау = а

2: залежить від різноманітності: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: кількість
ефективні послідовності в локальному MSA навколо стовпця i) 3: псевдорахунки постійного різноманіття

-pca [0,1] загальна домішка псевдорахунку (def=1.0)

-друкована плата [1,inf[ Порогове значення Neff для -pcm 2 (def=1.5)

- PCC [0,3] показник екстинкції c для -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
Псевдолічильна домішка PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ ПЕРЕДФІЛЬТР ПОРТІГ для Neff (def=1.8)

Контекстний псевдорахунки:
-nocontxt
використовувати матрицю підстановки замість контекстно-специфічних псевдолічильників

-contxt контекстний файл для обчислення контекстно-специфічних псевдолічильників
(за замовчуванням=./data/context_data.lib)

-cslib
файл стану стовпця для швидкої попередньої фільтрації бази даних (за замовчуванням=./data/cs219.lib)

Приклад: hhmake -i тест.a3m

Використовуйте hhmake онлайн за допомогою служб onworks.net