Це команда HPCdaligner, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
HPCdaligner - створити скрипт для запуску далігнер(1)
СИНТАКСИС
HPCdaligner [-vbAI] [-kInt(14)] [-wInt(6)][-hInt(35)] [-tInt] [-MInt] [-eподвійний (.70)]
[-lInt(1000)] [-sInt(100)] [-HInt] [-mтрек]+ [-далInt(4)] [-градInt(25)] шлях:db|dam
[перший: int[-останній: інт]]
ОПИС
HPCdaligner записує сценарій оболонки UNIX у стандартний висновок, який складається з послідовності
команд, які ефективно виконуються далігнер(1) на всіх парах блоків розділеної бази даних
а потім зовні сортує та об’єднує їх за допомогою LAsort(1) і LAmerge(1) у колекцію
файлів вирівнювання з іменами шлях.#.лас де # коливається від 1 до кількості блоків
база даних розділена на. Ці відсортовані файли, якщо вони об’єднані за допомогою say LAcat(1) міститиме
всі вирівнювання в відсортованій послідовності (a-read, потім b-read, і так далі). Більше того, всі
перекриття для даного a-read гарантовано не будуть розділені на файли, тому можна запускати
аналізатори артефактів або виправлення помилок для кожного відсортованого файлу паралельно.
База даних повинна бути попередньо розділена на DBsplit(1) і всі параметри, крім
-v, -дал та -град, передаються до викликів до далігнер(1). Значення за замовчуванням для
ці параметри як для далігнер(1 р.). The -v прапор, для багатослівного режиму, також передається до
всі дзвінки на LAsort(1) і LAmerge(1). -дал та -град варіанти описані пізніше.
Для бази даних, розділеної на N підблоків, виклики до далігнер(1) вироблятиме всього
2TN^2 файли .las за умови, що daligner працює з T потоками. Потім вони будуть відсортовані і
об'єднано в N^2 відсортованих файлів .las, по одному для кожної пари блоків. Потім вони об’єднуються
ceil(log_deg N) фази, де кількість файлів геометрично зменшується в -град до
є 1 файл на рядок матриці блоків N x N. Отже, в кінці ви маєте N відсортованих .las
файли, які при з’єднанні давали б один великий відсортований файл накладання.
Команда -дал Опція (за замовчуванням 4) дає бажану кількість порівнянь блоків за виклик
далігнер(1). Деякі повинні містити дав-1 порівняння, і перше дав-2 блок-порівняння
ще менше, але HPCdaligner "планувальник" робить усе, що може, щоб дати середнє навантаження
dal порівняння блоків для кожної команди. The -град параметр (за замовчуванням 25) дає максимальну кількість
файлів, які будуть об’єднані в один LAmerge(1) команда. Планувальник робить максимум
парне k-арне дерево злиттів, де кількість рівнів дорівнює ceil(log_deg N).
Якщо цілі числа перший та останній відсутні, то створений скрипт призначений для кожного блоку в
бази даних. Якщо перший присутній, значить HPCdaligner створює інкрементний сценарій, який
порівнює блоки перший через останній (останній = перший якщо немає) один проти одного і
всі попередні блоки з 1 по перший-1, а потім поступово оновлює файли .las для
блоки 1 наск перший-1 і створює файли .las для блоків перший через останній.
Кожен командний рядок UNIX виводить файл HPCdaligner може бути пакетним завданням (ми використовуємо &&
оператор, щоб об’єднати кілька команд в один рядок, щоб зробити це так). Залежності між
завдання можна підтримувати, просто спочатку запустивши всі далігнер(1) робочі місця, потім усі
початкові завдання сортування, а потім усі завдання на кожній фазі зовнішнього сортування злиттям. Кожен
цих етапів відокремлено інформативним рядком коментарів для вашого сценарію
зручність.
Використовуйте HPCdaligner онлайн за допомогою служб onworks.net
