Це команда idba_hybrid, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
idba_hybrid - Ітеративний ассемблер графів де Брейна для даних гібридної послідовності
СИНТАКСИС
idba_hybrid -r read.fa -o вихідний_директор [--довідка реф.фа]
ОПИС
IDBA-Tran — це ітеративний асемблер для короткого читання De Bruijn Graph De Novo для транскриптому.
Це чисто de novo ассемблер, заснований тільки на зчитуваннях секвенування РНК. IDBA-Tran використовує локальний
збирання для відновлення відсутніх k-мерів у низькоекспресованих транскриптах, а потім використовує
прогресивне відсічення контигів, щоб розділити графік на компоненти. Кожен компонент
відповідає одному гену в більшості випадків і містить не так багато транскриптів. Евристика
Потім для пошуку ізоформ використовується алгоритм, заснований на читаннях на кінці пари.
ВАРІАНТИ
-o, -- вихід arg (= вихід)
вихідний каталог
-r, --прочитати аргумент
файл швидкого читання (<=128)
--read_level_2 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів другого рівня
--read_level_3 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів третього рівня
--read_level_4 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів четвертого рівня
--read_level_5 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів п'ятого рівня
-l, --long_read аргумент
fasta long read файл (>128)
--довідка аргумент
еталонний геном
--норка аргумент (=20)
мінімальне значення k (<=124)
--макс аргумент (=100)
максимальне значення k (<=124)
--крок аргумент (=20)
збільшення k-mer кожної ітерації
--внутрішня_норка аргумент (=10)
внутрішнє мінімальне значення k
--внутрішній_крок аргумент (=5)
внутрішній приріст k-mer
--префікс аргумент (=3)
довжина префікса, що використовується для побудови таблиці sub k-mer
--min_count аргумент (=2)
мінімальна кратність для фільтрації k-mer при побудові графіка
--min_support аргумент (=1)
мінімальна підтримка на кожній ітерації
--кількість_потоків аргумент (=0)
кількість ниток
--seed_kmer аргумент (=30)
розмір насіння кмера для вирівнювання
--min_contig аргумент (=200)
мінімальний розмір контигу
--min_region аргумент (=500)
мінімальний розмір області в еталонному геномі
--подібні аргумент (=0.95)
схожість для вирівнювання
--максимальна_невідповідність аргумент (=3)
максимальна невідповідність виправлення помилок
--min_pairs аргумент (=3)
мінімальна кількість пар
--max_gap аргумент (=50)
максимальний розрив у відношенні
--no_local
не використовуйте локальну збірку
--no_coverage
не повторюйте покриття
--no_correct
не робіть виправлення
--попереднє_виправлення
виконати попередню корекцію перед складанням
Використовуйте idba_hybrid онлайн за допомогою служб onworks.net