idba - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

idba_hybrid - Ітеративний ассемблер графів де Брейна для даних гібридної послідовності

СИНТАКСИС

idba_hybrid -r read.fa -o вихідний_директор [--довідка реф.фа]

ОПИС

IDBA-Tran — це ітеративний асемблер для короткого читання De Bruijn Graph De Novo для транскриптому.
Це чисто de novo ассемблер, заснований тільки на зчитуваннях секвенування РНК. IDBA-Tran використовує локальний
збирання для відновлення відсутніх k-мерів у низькоекспресованих транскриптах, а потім використовує
прогресивне відсічення контигів, щоб розділити графік на компоненти. Кожен компонент
відповідає одному гену в більшості випадків і містить не так багато транскриптів. Евристика
Потім для пошуку ізоформ використовується алгоритм, заснований на читаннях на кінці пари.

ВАРІАНТИ

-o, -- вихід arg (= вихід)
вихідний каталог

-r, --прочитати аргумент
файл швидкого читання (<=128)

--read_level_2 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів другого рівня

--read_level_3 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів третього рівня

--read_level_4 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів четвертого рівня

--read_level_5 аргумент
парний кінець читає fasta для каркасів п'ятого рівня

-l, --long_read аргумент
fasta long read файл (>128)

--довідка аргумент
еталонний геном

--норка аргумент (=20)
мінімальне значення k (<=124)

--макс аргумент (=100)
максимальне значення k (<=124)

--крок аргумент (=20)
збільшення k-mer кожної ітерації

--внутрішня_норка аргумент (=10)
внутрішнє мінімальне значення k

--внутрішній_крок аргумент (=5)
внутрішній приріст k-mer

--префікс аргумент (=3)
довжина префікса, що використовується для побудови таблиці sub k-mer

--min_count аргумент (=2)
мінімальна кратність для фільтрації k-mer при побудові графіка

--min_support аргумент (=1)
мінімальна підтримка на кожній ітерації

--кількість_потоків аргумент (=0)
кількість ниток

--seed_kmer аргумент (=30)
розмір насіння кмера для вирівнювання

--min_contig аргумент (=200)
мінімальний розмір контигу

--min_region аргумент (=500)
мінімальний розмір області в еталонному геномі

--подібні аргумент (=0.95)
схожість для вирівнювання

--максимальна_невідповідність аргумент (=3)
максимальна невідповідність виправлення помилок

--min_pairs аргумент (=3)
мінімальна кількість пар

--max_gap аргумент (=50)
максимальний розрив у відношенні

--no_local
не використовуйте локальну збірку

--no_coverage
не повторюйте покриття

--no_correct
не робіть виправлення

--попереднє_виправлення
виконати попередню корекцію перед складанням

Використовуйте idba онлайн за допомогою служб onworks.net